Identifikace PVY izolátů testováním pomocí imunovazebné RT-PCR

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60109807%3A_____%2F18%3AN0000020" target="_blank" >RIV/60109807:_____/18:N0000020 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Identifikace PVY izolátů testováním pomocí imunovazebné RT-PCR

Popis výsledku v původním jazyce

Bylo charakterizováno dvacet izolátů PVY. Biologicky byly charakterizovány jako PVYO (tři izoláty) a PVYN (17 izolátů). Sérologické a molekulární genetické metody však vedly ke komplikovanějším charakterizacím. Například pět izolátů indukovalo nekrotické příznaky na rostlinách tabáku typických pro PVYN, a to navzdory tomu, že reagovaly sérologicky jako PVYO. Navíc izoláty PVY nebyly podle molekulárních genetických postupů totožné. Typické produkty PVYNTN PCR byly pozorovány u 14 izolátů, ale pět z nich (Hr220-5, Hr387-7, Nord 242, Syn1Scot a 41-97) nevyvolalo nekrotické příznaky bramborových hlíz u infikovaných kultivarů. Metoda imuno-vazebného RT-PCR sondování byla vyvinuta za použití sady 24 párů primerů odvozených z osmi oblastí genomu PVY. Použitím této metody bylo zjištěno, že pět ze sedmi izolátů PVYNTN, včetně českého standardu PVYNTN z odrůdy Nicola, bylo identických. Nicméně dva izoláty PVYNTN a všechny ostatní vzorky PVY ukázaly unikátní vzhled, což naznačuje specifické rozdíly na úrovni nukleotidů. Tato metoda umožnila specifickou identifikaci variability jednotlivých izolátů i v rámci různých podskupin PVY.

Název v anglickém jazyce

The identification of PVY isolates by means immunocapture RT-PCR probing

Popis výsledku anglicky

Twenty PVY isolates were characterised. Biologically they were characterised as PVYO (three isolates) and PVYN (17 isolates). However, serological and molecular genetic methods led to a more complicated characterisation. For example, five isolates induced necrotic symptoms on tobacco plants typical of PVYN, despite reacting as PVYO serologically. Moreover, the PVY isolates were not identical according to molecular genetic procedures. Typical PVYNTN PCR products were observed for 14 isolates, but five of them (Hr220-5, Hr387-7, Nord 242, Syn1Scot and 41-97) did not produce potato tuber necrotic symptoms in infected cultivars. The method of immunocapture RT-PCR probing was developed using a set of 24 pairs of primers derived from eight regions of the PVY genome. Using this method, five out of seven PVYNTN isolates, including the Czech standard PVYNTN from the potato cv. Nicola, were found to be identical. However, two PVYNTN isolates and all the other probed PVY samples showed unique patterns, suggesting specific differences at the nucleotide level. This method enabled specific identification of individual isolates variability even within different PVY sub-groups.

Druh

J_ost - Ostatní články v recenzovaných periodicích

CEP obor

—

OECD FORD obor

40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2018

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Vědecké práce VÚB Havlíčkův Brod

ISSN

1802-940X

e-ISSN

—

Svazek periodika

24

Číslo periodika v rámci svazku

1

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

8

Strana od-do

45-52

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—