Využití sekvenční analýzy divokých kmenů viru planých neštovic se zaměřením na epidemiologickou situaci v České republice

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60162694%3AG44__%2F10%3A00002229" target="_blank" >RIV/60162694:G44__/10:00002229 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Využití sekvenční analýzy divokých kmenů viru planých neštovic se zaměřením na epidemiologickou situaci v České republice

Popis výsledku v původním jazyce

V naší studii jsme podrobili molekulárně genetické analýze soubor 153 klinických vzorků, pocházejících výhradně z České republiky. Sběr byl uskutečněn mezi roky 2005-2009. Metoda real-time PCR detekující markery v oblastech ORF 38, 54 a 62 umožnila rozlišení mezi divokými a vakcinačními kmeny VZV. Typizace jednotlivých divokých kmenů pak byla vyšetřena pomocí sekvenační analýzy fragmentů deoxyribonukleové kyseliny (DNA) z oblasti ORF 21, 22 a 50, se zaměřením na zachycení změn v jednotlivých nukleotidových bázích, tzv. single nucleotide polymorphism (SNP). Z celkového počtu 153 vyšetřených klinických vzorků bylo 95 případů určeno jako varicella a 57 případů jako zoster. Jeden vzorek byl VZV negativní. Všech 152 pozitivních případů patřilo mezi divoké kmeny VZV, z toho 71 (tj. 47 %) bylo vyhodnoceno jako E1 kmen a 81 (tj. 53 %) bylo typizováno jako E2 kmen. Do vyšetřované skupiny pacientů nebyli zahrnuti ti, kteří v dotazníku udali pozitivní informaci o očkování proti VZV.

Název v anglickém jazyce

Sequencing analysis of wild type VZV

Popis výsledku anglicky

Geographic localization, climate and factors of populations have influence on genetic diversity and epidemiology of VZV infections. Studies of genetic diversity of VZV, in turn, play an important role in further understandig of epidemiology and evolutionof the virus, and may in future serve as a tool for genetic prediction of virus pathogenicity or resistence development. We tested the group of 153 clinical specimens. All of them were collected in Czech Republic from 2005 to 2009. The differenciation of wild-type and vaccine VZV strains was detected using markers in ORF 38, 54 and 62. Single nucleotide polymorphisms in ORF 21, 22 and 50 detected and characterized individual wild type strains. One specimen from 153 total was negative, 95 cases were varicella, 57 cases were zoster. 71 cases (47 %) were E1 wild-type VZV strains, 81 cases (53 %) were detected as E2 VZV strain. No one was VZV vaccinated.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

EE - Mikrobiologie, virologie

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/GAP304%2F10%2F1161" target="_blank" >GAP304/10/1161: Role buněčných proteinů asociovaných s viry v patogenezi dysfunkce T lymfocytů</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2010

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Vakcinologie

ISSN

1802-3150

e-ISSN

—

Svazek periodika

4

Číslo periodika v rámci svazku

2

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

5

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—