Assessment of genetic diversity of Czech sweet cherry cultivars using microsatellite markers

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60460709%3A41210%2F15%3A68869" target="_blank" >RIV/60460709:41210/15:68869 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.bse.2015.09.013" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1016/j.bse.2015.09.013</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.bse.2015.09.013" target="_blank" >10.1016/j.bse.2015.09.013</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Assessment of genetic diversity of Czech sweet cherry cultivars using microsatellite markers

Popis výsledku v původním jazyce

We analyzed 24 sweet and wild cherry genotypes collected in Czech Republic to determine genetic variation, using previously described 16 SSR primers to adapt a fast, reliable method for preliminary screening and comparison of sweet cherry germplasm collections. All SSRs were polymorphic and they were able all together to distinguish unambiguously the genotypes. These SSR primers generated 70 alleles; the number of alleles per primer ranged from 2 to 7, with a mean of 4.4 putative alleles per primer combination. The primer UDP-98-412 gave the highest number of polymorphic bands (totally 7), while Empa2 and Empa3 gave the lowest number (2). The allele frequency varied from 2.1% to 87.5%. We observed 10% of unique alleles at different loci. The observed heterozygosity value ranged from 0.25 to 0.96 with an average of 0.72 while expected heterozygosity value varied from 0.22 to 0.75 with an average of 0.59. The PIC value ranged from 0.21 to 0.71 with a mean value of 0.523. Cluster analysis

Název v anglickém jazyce

Assessment of genetic diversity of Czech sweet cherry cultivars using microsatellite markers

Popis výsledku anglicky

We analyzed 24 sweet and wild cherry genotypes collected in Czech Republic to determine genetic variation, using previously described 16 SSR primers to adapt a fast, reliable method for preliminary screening and comparison of sweet cherry germplasm collections. All SSRs were polymorphic and they were able all together to distinguish unambiguously the genotypes. These SSR primers generated 70 alleles; the number of alleles per primer ranged from 2 to 7, with a mean of 4.4 putative alleles per primer combination. The primer UDP-98-412 gave the highest number of polymorphic bands (totally 7), while Empa2 and Empa3 gave the lowest number (2). The allele frequency varied from 2.1% to 87.5%. We observed 10% of unique alleles at different loci. The observed heterozygosity value ranged from 0.25 to 0.96 with an average of 0.72 while expected heterozygosity value varied from 0.22 to 0.75 with an average of 0.59. The PIC value ranged from 0.21 to 0.71 with a mean value of 0.523. Cluster analysis

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

GE - Šlechtění rostlin

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/QJ1210275" target="_blank" >QJ1210275: Řešení aktuálních problémů pěstování třešní a višní s tržní kvalitou plodů se zaměřením na ekologicky šetrné postupy</a><br>

Návaznosti

O - Projekt operacniho programu

Rok uplatnění

2015

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Biochemical Systematics and Ecology

ISSN

0305-1978

e-ISSN

—

Svazek periodika

63

Číslo periodika v rámci svazku

12

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

7

Strana od-do

6-12

Kód UT WoS článku

000367485900002

EID výsledku v databázi Scopus

—