Evaluation of variations in plastid DNA non-coding regions in selected species of the genus Solanum
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60460709%3A41210%2F17%3A73828" target="_blank" >RIV/60460709:41210/17:73828 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.17221/76/2015-CJGPB" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.17221/76/2015-CJGPB</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.17221/76/2015-CJGPB" target="_blank" >10.17221/76/2015-CJGPB</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Evaluation of variations in plastid DNA non-coding regions in selected species of the genus Solanum
Popis výsledku v původním jazyce
The diversity of three non-coding plastid DNA loci (trnL/trnF spacer, trnV/16SrRNA spacer, trnL/trnL intron) was assessed in 16 Solanum L. species (135 individuals). Polymorphisms were detected by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and verified by direct sequencing. No intraspecific diversity and only poor interspecific diversity was detected. Unique S. mochiquense Ochoa specific length polymorphism at the trnL/trnL locus represented by duplication of an 18 bp segment was discovered. The detected DGGE interspecific trnL/trnF locus polymorphism did not specifically associate with single point mutations in the sequence confirmed by sequencing. The DGGE method was found to be a simple and cheap pre-exploring tool for mutation detection in compared DNA regions. Some identified polymorphisms can be used in the management of genetic resources.
Název v anglickém jazyce
Evaluation of variations in plastid DNA non-coding regions in selected species of the genus Solanum
Popis výsledku anglicky
The diversity of three non-coding plastid DNA loci (trnL/trnF spacer, trnV/16SrRNA spacer, trnL/trnL intron) was assessed in 16 Solanum L. species (135 individuals). Polymorphisms were detected by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and verified by direct sequencing. No intraspecific diversity and only poor interspecific diversity was detected. Unique S. mochiquense Ochoa specific length polymorphism at the trnL/trnL locus represented by duplication of an 18 bp segment was discovered. The detected DGGE interspecific trnL/trnF locus polymorphism did not specifically associate with single point mutations in the sequence confirmed by sequencing. The DGGE method was found to be a simple and cheap pre-exploring tool for mutation detection in compared DNA regions. Some identified polymorphisms can be used in the management of genetic resources.
Klasifikace
Druh
J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science
CEP obor
—
OECD FORD obor
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/QJ1210305" target="_blank" >QJ1210305: Integrovaná ochrana proti plísni bramboru v nových agroenvironmentálních podmínkách s využitím prognózy výskytu choroby a na základě nových poznatků o změnách v populacich patogena a procesech rozkladu hlíz</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2017
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Czech Journal of Genetics and Plant Breeding
ISSN
1212-1975
e-ISSN
—
Svazek periodika
53
Číslo periodika v rámci svazku
3
Stát vydavatele periodika
CZ - Česká republika
Počet stran výsledku
5
Strana od-do
127-131
Kód UT WoS článku
000410679800006
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-85030125279