Optimalizace výběru jedinců pro základní skupinu APY aproximaci inverze genomické příbuznosti
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60460709%3A41210%2F22%3A92753" target="_blank" >RIV/60460709:41210/22:92753 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://metodiky.agrobiologie.cz" target="_blank" >http://metodiky.agrobiologie.cz</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
čeština
Název v původním jazyce
Optimalizace výběru jedinců pro základní skupinu APY aproximaci inverze genomické příbuznosti
Popis výsledku v původním jazyce
Byl ověřen postup výběru jedinců do tzv. jádra pro aproximaci inverze genomické matice příbuznosti. Ke konstrukci matice příbuznosti se v konvenční metodě předpovědi plemenné hodnoty běžně využívají rodokmenové informace. Zásadní a nezbytnou částí předpovědi genomické plemenné hodnoty je inverze genomické matice příbuznosti. Výpočetní čas na inverzi genomické matice příbuznosti však, na rozdíl od rodokmenové matice příbuznosti, vzrůstá kubicky a maximální limit pro inverzi je přibližně 150 tisíc genotypových jedinců. Byl ověřen postup pro výběr základních jedinců pro aproximaci APY. Otestovaný přístup je postaven na podmiňujícím algoritmu. Algoritmus iniciuje základní podmnožinu s jedincem, který se nejvíce odchyluje od těžiště genotypů SNP. Poté postupně najde zvířata, která se nejvíce odchylují od již vybraných základních jedinců.
Název v anglickém jazyce
Optimizing the selection of core individuals for the APY approximation of inversion of genomic relationship matrix
Popis výsledku anglicky
We verified the procedure for selecting individuals into the so-called core for approximating the inversion of the genomic kinship matrix. Pedigree information is commonly used in the conventional breeding value prediction method to construct the kinship matrix. A necessary part of genomic breeding value prediction is the inversion of the genomic kinship matrix. However, the computation time for the inversion of the genomic kinship matrix, unlike the pedigree kinship matrix, increases cubically, and the maximum limit for the inversion is approximately 150 thousand genotypic individuals. The tested approach is based on a conditional algorithm. The algorithm initializes the base subset with the individual that deviates most from the centroid of the SNP genotypes. It then gradually finds the animals that differ from the already selected essential individuals.
Klasifikace
Druh
N<sub>metC</sub> - Metodiky certifikované oprávněným orgánem
CEP obor
—
OECD FORD obor
40201 - Animal and dairy science; (Animal biotechnology to be 4.4)
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2022
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Interní identifikační kód produktu
Genomická seleke
Číslo předpisu
—
Technické parametry
Zavedení výběru základních jedinců do aproximace APY, výrazně urychlí inverzi genomické matice příbuznosti, čímž dojde k výraznému zkrácení doby pro předpověď plemenné hodnoty hospodářských zvířat.
Ekonomické parametry
Daná metodika bude využívána ČMSCH, a.s. podle zákona č.110/1997 Sb. O potravinách a zákona č. 154/2000 Sb. O šlechtění, plemenitbě a evidenci hospodářských zvířat ve znění pozdějších předpisů je ČMSCH právnická osoba pověřena ministerstvem k výkonu činností podle jednotlivých bodů § 23c. Jmenovitě podle odstavců 1 a 2 a §7 je povinna poskytovat chovatelům a oprávněným osobám údaje, zpracovávat, zveřejňovat a evidovat výsledky, což se týká i o ověřování příbuzenských vztahů mezi jedinci. V souladu s doporučením Rady vlády pro výzkum uvádíme, že ČMSCH, a.s. nevytváří těmito činnostmi zisk, poskytuje široké chovatelské veřejnosti co nejobjektivnější údaje a vyhodnocení celostátních databází vytváří podklady pro prokázání kvality plemenářské práce chovatelů.
Označení certifikačního orgánu
Česká plemenářská inspekce
Datum certifikace
—
Způsoby využití výsledku
A - Výsledek využívá pouze poskytovatel