Understanding the role of base stacking in nucleic acids. MD and QM analysis of tandem GA base pairs in RNA duplexes.

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60461373%3A22310%2F12%3A43893842" target="_blank" >RIV/60461373:22310/12:43893842 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68081707:_____/12:00386045 RIV/00216224:14740/12:00057881

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1039/c2cp40556c" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1039/c2cp40556c</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1039/c2cp40556c" target="_blank" >10.1039/c2cp40556c</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Understanding the role of base stacking in nucleic acids. MD and QM analysis of tandem GA base pairs in RNA duplexes.

Popis výsledku v původním jazyce

Preceding NMR experiments show that the conformation of tandem GA base pairs, an important recurrent non-canonical building block in RNA duplexes, is context dependent. The GA base pairs adopt "sheared" N3(G)-N6(A), N2(G)-N7(A) geometry in the r(CGAG)(2)and r(iGGAiC)(2) contexts while switching to "imino" N1(G)-N1(A), O6(G)-N6(A) geometry in the r(GGAC)(2) and r(iCGAiG)(2) contexts (iC and iG stand for isocytosine and isoguanine, respectively). As base stacking is likely to be one of the key sources ofthe context dependence of the conformation of GA base pairs, we calculated base stacking energies in duplexes containing such base pairs, to see if this dependence can be predicted by stacking energy calculations. When investigating the context dependence of the GA geometry two different conformations of the same duplex were compared (imino vs. sheared). The geometries were generated via explicit solvent MD simulations of the respective RNA duplexes, while the subsequent QM energy calcu

Název v anglickém jazyce

Understanding the role of base stacking in nucleic acids. MD and QM analysis of tandem GA base pairs in RNA duplexes.

Popis výsledku anglicky

Preceding NMR experiments show that the conformation of tandem GA base pairs, an important recurrent non-canonical building block in RNA duplexes, is context dependent. The GA base pairs adopt "sheared" N3(G)-N6(A), N2(G)-N7(A) geometry in the r(CGAG)(2)and r(iGGAiC)(2) contexts while switching to "imino" N1(G)-N1(A), O6(G)-N6(A) geometry in the r(GGAC)(2) and r(iCGAiG)(2) contexts (iC and iG stand for isocytosine and isoguanine, respectively). As base stacking is likely to be one of the key sources ofthe context dependence of the conformation of GA base pairs, we calculated base stacking energies in duplexes containing such base pairs, to see if this dependence can be predicted by stacking energy calculations. When investigating the context dependence of the GA geometry two different conformations of the same duplex were compared (imino vs. sheared). The geometries were generated via explicit solvent MD simulations of the respective RNA duplexes, while the subsequent QM energy calcu

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

BO - Biofyzika

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2012

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Physical Chemistry Chemical Physics

ISSN

1463-9076

e-ISSN

—

Svazek periodika

14

Číslo periodika v rámci svazku

36

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

12

Strana od-do

12580-12591

Kód UT WoS článku

000307900800018

EID výsledku v databázi Scopus

—