Long-timescale dynamics of the Drew-Dickerson dodecamer
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60461373%3A22310%2F16%3A43902851" target="_blank" >RIV/60461373:22310/16:43902851 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/61388963:_____/16:00462092
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkw264" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkw264</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkw264" target="_blank" >10.1093/nar/gkw264</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Long-timescale dynamics of the Drew-Dickerson dodecamer
Popis výsledku v původním jazyce
We present a systematic study of the long-timescale dynamics of the Drew-Dickerson dodecamer (DDD: d(CGCGAATTGCGC)(2)) a prototypical B-DNA duplex. Using our newly parameterized PARMBSC1 force field, we describe the conformational landscape of DDD in a variety of ionic environments from minimal salt to 2 M Na+Cl- or K+Cl-. The sensitivity of the simulations to the use of different solvent and ion models is analyzed in detail using multi-microsecond simulations. Finally, an extended (10 mu s) simulation is used to characterize slow and infrequent conformational changes in DDD, leading to the identification of previously uncharacterized conformational states of this duplex which can explain biologically relevant conformational transitions. With a total of more than 43 mu s of unrestrained molecular dynamics simulation, this study is the most extensive investigation of the dynamics of the most prototypical DNA duplex.
Název v anglickém jazyce
Long-timescale dynamics of the Drew-Dickerson dodecamer
Popis výsledku anglicky
We present a systematic study of the long-timescale dynamics of the Drew-Dickerson dodecamer (DDD: d(CGCGAATTGCGC)(2)) a prototypical B-DNA duplex. Using our newly parameterized PARMBSC1 force field, we describe the conformational landscape of DDD in a variety of ionic environments from minimal salt to 2 M Na+Cl- or K+Cl-. The sensitivity of the simulations to the use of different solvent and ion models is analyzed in detail using multi-microsecond simulations. Finally, an extended (10 mu s) simulation is used to characterize slow and infrequent conformational changes in DDD, leading to the identification of previously uncharacterized conformational states of this duplex which can explain biologically relevant conformational transitions. With a total of more than 43 mu s of unrestrained molecular dynamics simulation, this study is the most extensive investigation of the dynamics of the most prototypical DNA duplex.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GA14-21893S" target="_blank" >GA14-21893S: Nanomechanika strukturních motivů RNA a DNA</a><br>
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2016
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Nucleic Acids Research
ISSN
0305-1048
e-ISSN
—
Svazek periodika
44
Číslo periodika v rámci svazku
9
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
15
Strana od-do
4052-4066
Kód UT WoS článku
000377472100018
EID výsledku v databázi Scopus
—