Structure, Stiffness and Substates of the Dickerson-Drew Dodecamer
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F13%3A00067939" target="_blank" >RIV/00216224:14740/13:00067939 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/68081707:_____/13:00391758 RIV/61388963:_____/13:00391758
Výsledek na webu
<a href="http://pubs.acs.org/toc/jctcce/9/1" target="_blank" >http://pubs.acs.org/toc/jctcce/9/1</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/ct300671y" target="_blank" >10.1021/ct300671y</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Structure, Stiffness and Substates of the Dickerson-Drew Dodecamer
Popis výsledku v původním jazyce
The Dickerson-Drew dodecamer (DD) d[CGCGAATTCGCG](2) is a prototypic B-DNA molecule whose sequence-specific structure and dynamics have been investigated by many experimental and computational studies. Here, we present an analysis of DD properties basedon extensive atomistic molecular dynamics (MD) simulations using different ionic conditions and water models. The 0.6-2.4-mu s-long MD trajectories are compared to modern crystallographic and NMR data. In the simulations, the duplex ends can adopt an alternative base-pairing, which influences the oligomer structure. A clear relationship between the BI/BII backbone substates and the basepair step conformation has been identified, extending previous findings and exposing an interesting structural polymorphism in the helix. For a given end pairing, distributions of the basepair step coordinates can be decomposed into Gaussian-like components associated with the BI/BII backbone states.
Název v anglickém jazyce
Structure, Stiffness and Substates of the Dickerson-Drew Dodecamer
Popis výsledku anglicky
The Dickerson-Drew dodecamer (DD) d[CGCGAATTCGCG](2) is a prototypic B-DNA molecule whose sequence-specific structure and dynamics have been investigated by many experimental and computational studies. Here, we present an analysis of DD properties basedon extensive atomistic molecular dynamics (MD) simulations using different ionic conditions and water models. The 0.6-2.4-mu s-long MD trajectories are compared to modern crystallographic and NMR data. In the simulations, the duplex ends can adopt an alternative base-pairing, which influences the oligomer structure. A clear relationship between the BI/BII backbone substates and the basepair step conformation has been identified, extending previous findings and exposing an interesting structural polymorphism in the helix. For a given end pairing, distributions of the basepair step coordinates can be decomposed into Gaussian-like components associated with the BI/BII backbone states.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
BO - Biofyzika
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2013
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Chemical Theory and Computation
ISSN
1549-9618
e-ISSN
—
Svazek periodika
9
Číslo periodika v rámci svazku
1
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
15
Strana od-do
707-721
Kód UT WoS článku
000313378700071
EID výsledku v databázi Scopus
—