Analýza plasmidové DNA bakteriálního kmene Achromobacter xylosoxidans A8

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60461373%3A22330%2F01%3A00004188" target="_blank" >RIV/60461373:22330/01:00004188 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/60461373:22330/01:00005822 RIV/60461373:22330/01:00009071

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Analýza plasmidové DNA bakteriálního kmene Achromobacter xylosoxidans A8

Popis výsledku v původním jazyce

Polychlorované bifenyly (PCBs) jsou závažnými xenobiotiky životního prostředí. Při jejich bakteriálním odbourávání vznikají limitní meziproduky - chlorbenzoáty (CBs). Bakteriální kmen rodu Alcaligenes sp. A8 byl izolován pro svou schopnost degradovat chlorbenzoáty, konktrétně 2,5-dichlorobenzoát. Bylo prokázáno, že geny kódující proteiny podílející se na degradaci CBs jsou lokalizovány na plasmidové DNA. Jedná se o geny dolní metabolické dráhy odbourávání PCBs (tzv. "ortho cleavage pathway") , kdy dochází ke štěpení aromatického jádra a odbourání CBs až na trikarboxylové kyseliny. Získání úplné genetické informace uložené v plasmidové DNA a charakterizace degradační dráhy by mohlo přispět k osvětlení mechanismu regulace těchto genů a umožnit další cílené manipulace vedoucí ke zlepšení degradability i jiných vlastností tohoto kmene Pro získání úplné sekvence plasmidové DNA je třeba vycházet z dostatečného množství čisté DNA. Byla optimalizována metoda izolace a purifikace megaplasmidu.

Název v anglickém jazyce

Analysis of bacterial strain Achromobacter xylosoxidans A8 plasmid DNA

Popis výsledku anglicky

Polychlorinated biphenyls (PCBs) are xenobiotics seriously polluting the environment. They are only slowly decomposed to chlorbenzoic acids. Soil bacterium Alcaligenes sp. A8 was found to degrade chlorbenzoic acids, especially 2,5 dichlorbenzoic acid toless poisonous compounds. It was found earlier, that DNA of Alcaligenes sp. A8 consists of a chromosome and a large plasmid. The genes encoding enzymes involved in the PCBs degradation pathway (especially those that cleave the benzene ring converting chlorbenzoic acids into three carboxilic acids) are situated directly on the plasmid DNA. We analyze the Alcaligenes sp. A8 plasmid with the aim to characterize genes involved in the degradation reactions. For this the plasmid DNA was obtained in sufficientamount and purity for sequencing. This was achieved by combination of procedures circumventing the low copy number, the large size (90 kb) and low mechanical stability of the plasmid. DNA was then partially cut with Sau3A or HinP1 restri

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

EE - Mikrobiologie, virologie

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/LN00A079" target="_blank" >LN00A079: Centrum integrované genomiky</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2001

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Chemické listy

ISSN

0009-2770

e-ISSN

—

Svazek periodika

95

Číslo periodika v rámci svazku

5

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

1

Strana od-do

324

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—