Sampling Enhancement and Free Energy Prediction by Flying Gaussian Method
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60461373%3A22330%2F16%3A43901894" target="_blank" >RIV/60461373:22330/16:43901894 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.6b00551" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.6b00551</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.6b00551" target="_blank" >10.1021/acs.jctc.6b00551</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Sampling Enhancement and Free Energy Prediction by Flying Gaussian Method
Popis výsledku v původním jazyce
We present a novel sampling enhancement and free energy prediction technique based on parallel simulation of the studied system with a shared bias potential. This history-independent bias potential is defined using selected degrees of freedom (collective variables). Each parallel walker of the system bears a single Gaussian shaped bias potential centered in current values of collective variables. Sampling enhancement is achieved by concentration of multiple walkers in certain free energy minimum. The method was successfully demonstrated on selected molecular systems, and presumed advantages over methods based on a history-dependent bias potential are discussed.
Název v anglickém jazyce
Sampling Enhancement and Free Energy Prediction by Flying Gaussian Method
Popis výsledku anglicky
We present a novel sampling enhancement and free energy prediction technique based on parallel simulation of the studied system with a shared bias potential. This history-independent bias potential is defined using selected degrees of freedom (collective variables). Each parallel walker of the system bears a single Gaussian shaped bias potential centered in current values of collective variables. Sampling enhancement is achieved by concentration of multiple walkers in certain free energy minimum. The method was successfully demonstrated on selected molecular systems, and presumed advantages over methods based on a history-dependent bias potential are discussed.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CE - Biochemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GA15-17269S" target="_blank" >GA15-17269S: Simulace komplexních systémů se zesíleným vzorkováním</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2016
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Chemical Theory and Computation
ISSN
1549-9618
e-ISSN
—
Svazek periodika
12
Číslo periodika v rámci svazku
9
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
7
Strana od-do
4644-4650
Kód UT WoS článku
000383315700042
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-84987662474