Reprezentativní interakce aminokyselin v proteinech: srovnání přesných ab-initio kvantově chemických výpočtů s empirickými potenciály

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F09%3A00324799" target="_blank" >RIV/61388963:_____/09:00324799 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Representative amino acid side chain interactions in proteins. A comparison of highly accurate correlated ab initio quantum chemical and empirical potential procedures

Popis výsledku v původním jazyce

Interactions between amino acid side chains play a crucial role both within a folded protein and between the interacting protein molecules. Here we have selected a representative set of 24 of the 400 (20 20) possible interacting side chain pairs and computed the interaction energy in the gas phase using several different, commonly used, ab initio and force field methods, namely M?ller-Plesset perturbation theory (MP2), density functional theory combined with symmetry-adapted perturbation theory (DFT-SAPT), density functional theory empirically augmented with an empirical dispersion term (DFT-D), and empirical potentials using the OPLS-AA/L and Amber03 force fields. All the methods were compared against a reference method taken to be the CCSD(T) level of theory extrapolated to the complete basis set limit. We found a high degree of agreement between the different methods, even though the range of binding energies obtained was extremely large.

Název v anglickém jazyce

Representative amino acid side chain interactions in proteins. A comparison of highly accurate correlated ab initio quantum chemical and empirical potential procedures

Popis výsledku anglicky

Interactions between amino acid side chains play a crucial role both within a folded protein and between the interacting protein molecules. Here we have selected a representative set of 24 of the 400 (20 20) possible interacting side chain pairs and computed the interaction energy in the gas phase using several different, commonly used, ab initio and force field methods, namely M?ller-Plesset perturbation theory (MP2), density functional theory combined with symmetry-adapted perturbation theory (DFT-SAPT), density functional theory empirically augmented with an empirical dispersion term (DFT-D), and empirical potentials using the OPLS-AA/L and Amber03 force fields. All the methods were compared against a reference method taken to be the CCSD(T) level of theory extrapolated to the complete basis set limit. We found a high degree of agreement between the different methods, even though the range of binding energies obtained was extremely large.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2009

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Chemical Theory and Computation

ISSN

1549-9618

e-ISSN

—

Svazek periodika

5

Číslo periodika v rámci svazku

4

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

11

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

000265268800037

EID výsledku v databázi Scopus

—