Energy matrix of structurally important side-chain/side-chain interactions in proteins

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F10%3A10212102" target="_blank" >RIV/61989592:15310/10:10212102 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/61388963:_____/10:00351179

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Energy matrix of structurally important side-chain/side-chain interactions in proteins

Popis výsledku v původním jazyce

The interactions between amino acid side chains in proteins are generally considered to be the most important stabilizing factor controlling protein structure. We used the RI-DFT-D method to calculate the full 20 x 20 matrix of interaction energies between all pairs of amino acid side chains. We find that all of the calculated interaction energies between selected pairs of amino acids are attractive in the gas phase with the exception of side chain pairs having the same total charge. The histograms of interaction energies showedthat the distributions of the interaction energies are neither normal nor Boltzmann-like. We concluded that cluster representatives obtained by the clusterization algorithm based on geometry criteria seem to epitomize the strongest interactions in a protein and are often functionally or structurally important.

Název v anglickém jazyce

Energy matrix of structurally important side-chain/side-chain interactions in proteins

Popis výsledku anglicky

The interactions between amino acid side chains in proteins are generally considered to be the most important stabilizing factor controlling protein structure. We used the RI-DFT-D method to calculate the full 20 x 20 matrix of interaction energies between all pairs of amino acid side chains. We find that all of the calculated interaction energies between selected pairs of amino acids are attractive in the gas phase with the exception of side chain pairs having the same total charge. The histograms of interaction energies showedthat the distributions of the interaction energies are neither normal nor Boltzmann-like. We concluded that cluster representatives obtained by the clusterization algorithm based on geometry criteria seem to epitomize the strongest interactions in a protein and are often functionally or structurally important.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2010

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Chemical Theory and Computation

ISSN

1549-9618

e-ISSN

—

Svazek periodika

6

Číslo periodika v rámci svazku

7

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

13

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

000279751500026

EID výsledku v databázi Scopus

—