On the parameterization of rigid base and basepair models of DNA from molecular dynamics simulations

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F09%3A00334367" target="_blank" >RIV/61388963:_____/09:00334367 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

On the parameterization of rigid base and basepair models of DNA from molecular dynamics simulations

Popis výsledku v původním jazyce

A method is proposed to extract sequence-dependent parameters for rigid base and basepair models of DNA from atomistic molecular dynamics. The practicability of the approach is verified by estimating a complete parameter set for a palindromic oligomer. We test the assumptions of rigidity of the bases and basepairs and the locality of the quadratic internal energy. The results show that these assumptions hold rather well for the base model but not for the basepair model.

Název v anglickém jazyce

On the parameterization of rigid base and basepair models of DNA from molecular dynamics simulations

Popis výsledku anglicky

A method is proposed to extract sequence-dependent parameters for rigid base and basepair models of DNA from atomistic molecular dynamics. The practicability of the approach is verified by estimating a complete parameter set for a palindromic oligomer. We test the assumptions of rigidity of the bases and basepairs and the locality of the quadratic internal energy. The results show that these assumptions hold rather well for the base model but not for the basepair model.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/LC512" target="_blank" >LC512: Centrum biomolekul a komplexních molekulových systémů</a><br>

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2009

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Physical Chemistry Chemical Physics

ISSN

1463-9076

e-ISSN

—

Svazek periodika

11

Číslo periodika v rámci svazku

45

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

24

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

000271907200004

EID výsledku v databázi Scopus

—