Modelling Nucleic Acid Structure and Flexibility: From Atomic to Mesoscopic Scale

Kód výsledku v IS VaVaI

RIV/61388963:_____/12:00378718 - isvavai.cz

Výsledek na webu

http://pubs.rsc.org/en/content/chapter/bk9781849734622-00001/978-1-84973-462-2

DOI - Digital Object Identifier

10.1039/9781849735056-00001

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Modelling Nucleic Acid Structure and Flexibility: From Atomic to Mesoscopic Scale

Popis výsledku v původním jazyce

The chapter is concerned with recent developments in the field of coarse-grained and multiscale modelling of DNA. Pseudoatom models at different scales are reviewed and critically compared. The main part is devoted to rigid base and basepair models of DNA shape and harmonic stiffness. The choice of model coordinates, inferring model parameters from unrestrained atomic-resolution molecular dynamics simulations, and the problem of locality are treated in detail. An original simulation of DNA A-tract is analyzed as an example. Anharmonic effects and alternative approaches are also discussed.

Název v anglickém jazyce

Modelling Nucleic Acid Structure and Flexibility: From Atomic to Mesoscopic Scale

Popis výsledku anglicky

The chapter is concerned with recent developments in the field of coarse-grained and multiscale modelling of DNA. Pseudoatom models at different scales are reviewed and critically compared. The main part is devoted to rigid base and basepair models of DNA shape and harmonic stiffness. The choice of model coordinates, inferring model parameters from unrestrained atomic-resolution molecular dynamics simulations, and the problem of locality are treated in detail. An original simulation of DNA A-tract is analyzed as an example. Anharmonic effects and alternative approaches are also discussed.

Druh

C - Kapitola v odborné knize

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

LC512: Centrum biomolekul a komplexních molekulových systémů

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2012

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název knihy nebo sborníku

Innovations in Biomolecular Modeling and Simulations

ISBN

978-1-84973-505-6

Počet stran výsledku

30

Strana od-do

3-32

Počet stran knihy

354

Název nakladatele

Royal Society of Chemistry

Místo vydání

Cambridge

Kód UT WoS kapitoly

—