Ligand Conformational and Solvation/Desolvation Free Energy in Protein-Ligand Complex Formation

Kód výsledku v IS VaVaI

RIV/61388963:_____/11:00367993 - isvavai.cz

Výsledek na webu

http://dx.doi.org/10.1021/jp2010265

DOI - Digital Object Identifier

10.1021/jp2010265

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Ligand Conformational and Solvation/Desolvation Free Energy in Protein-Ligand Complex Formation

Popis výsledku v původním jazyce

In this study, an extensive sampling of the conformational space of nine HIV-1 protease inhibitors was performed to estimate the uncertainty with which a single-conformation scoring scheme approximates the protein-ligand binding free energy. The SMD implicit solvation energy and gas-phase PM6-DH2 energy were calculated for a set of 1600 conformations of each ligand. The probability density functions of the energies were compared with the values obtained from the single-conformation approach and from a short ab initio molecular dynamics simulation. The relative uncertainty in the score within the set of nine inhibitors was calculated to be 3.5 kcal/mol and 2.7 kcal/mol for the single-conformation and short dynamics, respectively, which provides a valuable insight into the precision of rigid models in computer-aided drug design.

Název v anglickém jazyce

Ligand Conformational and Solvation/Desolvation Free Energy in Protein-Ligand Complex Formation

Popis výsledku anglicky

In this study, an extensive sampling of the conformational space of nine HIV-1 protease inhibitors was performed to estimate the uncertainty with which a single-conformation scoring scheme approximates the protein-ligand binding free energy. The SMD implicit solvation energy and gas-phase PM6-DH2 energy were calculated for a set of 1600 conformations of each ligand. The probability density functions of the energies were compared with the values obtained from the single-conformation approach and from a short ab initio molecular dynamics simulation. The relative uncertainty in the score within the set of nine inhibitors was calculated to be 3.5 kcal/mol and 2.7 kcal/mol for the single-conformation and short dynamics, respectively, which provides a valuable insight into the precision of rigid models in computer-aided drug design.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2011

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Physical Chemistry B

ISSN

1520-6106

e-ISSN

—

Svazek periodika

115

Číslo periodika v rámci svazku

16

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

7

Strana od-do

4718-4724

Kód UT WoS článku

000289697300020

EID výsledku v databázi Scopus

—