Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Ligand Conformational and Solvation/Desolvation Free Energy in Protein-Ligand Complex Formation

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F11%3A00367993" target="_blank" >RIV/61388963:_____/11:00367993 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp2010265" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/jp2010265</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp2010265" target="_blank" >10.1021/jp2010265</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Ligand Conformational and Solvation/Desolvation Free Energy in Protein-Ligand Complex Formation

  • Popis výsledku v původním jazyce

    In this study, an extensive sampling of the conformational space of nine HIV-1 protease inhibitors was performed to estimate the uncertainty with which a single-conformation scoring scheme approximates the protein-ligand binding free energy. The SMD implicit solvation energy and gas-phase PM6-DH2 energy were calculated for a set of 1600 conformations of each ligand. The probability density functions of the energies were compared with the values obtained from the single-conformation approach and from a short ab initio molecular dynamics simulation. The relative uncertainty in the score within the set of nine inhibitors was calculated to be 3.5 kcal/mol and 2.7 kcal/mol for the single-conformation and short dynamics, respectively, which provides a valuable insight into the precision of rigid models in computer-aided drug design.

  • Název v anglickém jazyce

    Ligand Conformational and Solvation/Desolvation Free Energy in Protein-Ligand Complex Formation

  • Popis výsledku anglicky

    In this study, an extensive sampling of the conformational space of nine HIV-1 protease inhibitors was performed to estimate the uncertainty with which a single-conformation scoring scheme approximates the protein-ligand binding free energy. The SMD implicit solvation energy and gas-phase PM6-DH2 energy were calculated for a set of 1600 conformations of each ligand. The probability density functions of the energies were compared with the values obtained from the single-conformation approach and from a short ab initio molecular dynamics simulation. The relative uncertainty in the score within the set of nine inhibitors was calculated to be 3.5 kcal/mol and 2.7 kcal/mol for the single-conformation and short dynamics, respectively, which provides a valuable insight into the precision of rigid models in computer-aided drug design.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2011

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Journal of Physical Chemistry B

  • ISSN

    1520-6106

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    115

  • Číslo periodika v rámci svazku

    16

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    7

  • Strana od-do

    4718-4724

  • Kód UT WoS článku

    000289697300020

  • EID výsledku v databázi Scopus