Reduction Potentials and Acidity Constants of Mn Superoxide Dismutase Calculated by QM/MM Free-Energy Methods
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F11%3A00370744" target="_blank" >RIV/61388963:_____/11:00370744 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1002/cphc.201100339" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1002/cphc.201100339</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1002/cphc.201100339" target="_blank" >10.1002/cphc.201100339</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Reduction Potentials and Acidity Constants of Mn Superoxide Dismutase Calculated by QM/MM Free-Energy Methods
Popis výsledku v původním jazyce
We used two theoretical methods to estimate reduction potentials and acidity constants in Mn superoxide dismutase (MnSOD), namely combined quantum mechanical and molecular mechanics (QM/MM) thermodynamic cycle perturbation (QTCP) and the QM/MM-PBSA approach. In the latter, QM/MM energies are combined with continuum solvation energies calculated by solving the PoissonBoltzmann equation (PB) or by the generalised Born approach (GB) and non-polar solvation energies calculated from the solvent-exposed surface area. We show that using the QTCP method, we can obtain accurate and precise estimates of the proton-coupled reduction potential for MnSOD, 0.30 +/- 0.01 V, which compares favourably with experimental estimates of 0.260.40 V. However, the calculated potentials depend strongly on the DFT functional used: The B3LYP functional gives 0.6 V more positive potentials than the PBE functional. The QM/MM-PBSA approach leads to somewhat too high reduction potentials for the coupled reaction and
Název v anglickém jazyce
Reduction Potentials and Acidity Constants of Mn Superoxide Dismutase Calculated by QM/MM Free-Energy Methods
Popis výsledku anglicky
We used two theoretical methods to estimate reduction potentials and acidity constants in Mn superoxide dismutase (MnSOD), namely combined quantum mechanical and molecular mechanics (QM/MM) thermodynamic cycle perturbation (QTCP) and the QM/MM-PBSA approach. In the latter, QM/MM energies are combined with continuum solvation energies calculated by solving the PoissonBoltzmann equation (PB) or by the generalised Born approach (GB) and non-polar solvation energies calculated from the solvent-exposed surface area. We show that using the QTCP method, we can obtain accurate and precise estimates of the proton-coupled reduction potential for MnSOD, 0.30 +/- 0.01 V, which compares favourably with experimental estimates of 0.260.40 V. However, the calculated potentials depend strongly on the DFT functional used: The B3LYP functional gives 0.6 V more positive potentials than the PBE functional. The QM/MM-PBSA approach leads to somewhat too high reduction potentials for the coupled reaction and
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/LC512" target="_blank" >LC512: Centrum biomolekul a komplexních molekulových systémů</a><br>
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2011
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
ChemPhysChem
ISSN
1439-4235
e-ISSN
—
Svazek periodika
12
Číslo periodika v rámci svazku
17
Stát vydavatele periodika
DE - Spolková republika Německo
Počet stran výsledku
11
Strana od-do
3337-3347
Kód UT WoS článku
000297693200029
EID výsledku v databázi Scopus
—