Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Reduction Potentials and Acidity Constants of Mn Superoxide Dismutase Calculated by QM/MM Free-Energy Methods

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F11%3A00370744" target="_blank" >RIV/61388963:_____/11:00370744 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1002/cphc.201100339" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1002/cphc.201100339</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1002/cphc.201100339" target="_blank" >10.1002/cphc.201100339</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Reduction Potentials and Acidity Constants of Mn Superoxide Dismutase Calculated by QM/MM Free-Energy Methods

  • Popis výsledku v původním jazyce

    We used two theoretical methods to estimate reduction potentials and acidity constants in Mn superoxide dismutase (MnSOD), namely combined quantum mechanical and molecular mechanics (QM/MM) thermodynamic cycle perturbation (QTCP) and the QM/MM-PBSA approach. In the latter, QM/MM energies are combined with continuum solvation energies calculated by solving the PoissonBoltzmann equation (PB) or by the generalised Born approach (GB) and non-polar solvation energies calculated from the solvent-exposed surface area. We show that using the QTCP method, we can obtain accurate and precise estimates of the proton-coupled reduction potential for MnSOD, 0.30 +/- 0.01 V, which compares favourably with experimental estimates of 0.260.40 V. However, the calculated potentials depend strongly on the DFT functional used: The B3LYP functional gives 0.6 V more positive potentials than the PBE functional. The QM/MM-PBSA approach leads to somewhat too high reduction potentials for the coupled reaction and

  • Název v anglickém jazyce

    Reduction Potentials and Acidity Constants of Mn Superoxide Dismutase Calculated by QM/MM Free-Energy Methods

  • Popis výsledku anglicky

    We used two theoretical methods to estimate reduction potentials and acidity constants in Mn superoxide dismutase (MnSOD), namely combined quantum mechanical and molecular mechanics (QM/MM) thermodynamic cycle perturbation (QTCP) and the QM/MM-PBSA approach. In the latter, QM/MM energies are combined with continuum solvation energies calculated by solving the PoissonBoltzmann equation (PB) or by the generalised Born approach (GB) and non-polar solvation energies calculated from the solvent-exposed surface area. We show that using the QTCP method, we can obtain accurate and precise estimates of the proton-coupled reduction potential for MnSOD, 0.30 +/- 0.01 V, which compares favourably with experimental estimates of 0.260.40 V. However, the calculated potentials depend strongly on the DFT functional used: The B3LYP functional gives 0.6 V more positive potentials than the PBE functional. The QM/MM-PBSA approach leads to somewhat too high reduction potentials for the coupled reaction and

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/LC512" target="_blank" >LC512: Centrum biomolekul a komplexních molekulových systémů</a><br>

  • Návaznosti

    Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2011

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    ChemPhysChem

  • ISSN

    1439-4235

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    12

  • Číslo periodika v rámci svazku

    17

  • Stát vydavatele periodika

    DE - Spolková republika Německo

  • Počet stran výsledku

    11

  • Strana od-do

    3337-3347

  • Kód UT WoS článku

    000297693200029

  • EID výsledku v databázi Scopus