SQM/COSMO Scoring Function at the DFTB3-D3H4 Level: Unique Identification of Native Protein-Ligand Poses

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F17%3A00475086" target="_blank" >RIV/61388963:_____/17:00475086 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/61989592:15310/17:73584906

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.6b00513" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.6b00513</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.6b00513" target="_blank" >10.1021/acs.jcim.6b00513</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

SQM/COSMO Scoring Function at the DFTB3-D3H4 Level: Unique Identification of Native Protein-Ligand Poses

Popis výsledku v původním jazyce

We have recently introduced the ”SQM/ COSMO” scoring function which combines a semi empirical quantum mechanical description of noncovalent interactions at the PM6-D3H4X level and the COSMO implicit model of solvation. This approach outperformed standard scoring functions but faced challenges with a metalloprotein featuring a Zn2+center dot center dot center dot S- interaction. Here, we invoke SCC-DFTB3-D3H4, a higher-level SQM method, and observe improved behavior for the metalloprotein and high-quality results for the other systems. This method holds promise for diverse protein-ligand complexes including metalloproteins.

Název v anglickém jazyce

SQM/COSMO Scoring Function at the DFTB3-D3H4 Level: Unique Identification of Native Protein-Ligand Poses

Popis výsledku anglicky

We have recently introduced the ”SQM/ COSMO” scoring function which combines a semi empirical quantum mechanical description of noncovalent interactions at the PM6-D3H4X level and the COSMO implicit model of solvation. This approach outperformed standard scoring functions but faced challenges with a metalloprotein featuring a Zn2+center dot center dot center dot S- interaction. Here, we invoke SCC-DFTB3-D3H4, a higher-level SQM method, and observe improved behavior for the metalloprotein and high-quality results for the other systems. This method holds promise for diverse protein-ligand complexes including metalloproteins.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10403 - Physical chemistry

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2017

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Chemical Information and Modeling

ISSN

1549-9596

e-ISSN

—

Svazek periodika

57

Číslo periodika v rámci svazku

2

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

6

Strana od-do

127-132

Kód UT WoS článku

000395226100005

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85014303363