Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Simulation of Raman and Raman optical activity of saccharides in solution

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F20%3A00521862" target="_blank" >RIV/61388963:_____/20:00521862 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/00216208:11320/20:10412451

  • Výsledek na webu

    <a href="https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2020/CP/C9CP05682C#!divAbstract" target="_blank" >https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2020/CP/C9CP05682C#!divAbstract</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1039/c9cp05682c" target="_blank" >10.1039/c9cp05682c</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Simulation of Raman and Raman optical activity of saccharides in solution

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Structural studies of sugars in solution are challenging for most of the traditional analytical techniques. Raman and Raman optical activity (ROA) spectroscopies were found to be extremely convenient for this purpose. However, Raman and ROA spectra of saccharides are challenging to interpret and model due to saccharides' flexibility and polarity. In this study, we present an optimized computational protocol that enables the simulation of the spectra efficiently. Our protocol, which results in good agreement with experiments, combines molecular dynamics and density functional theory calculations. It further uses a smart optimization procedure and a novel adaptable scaling function. The numerical stability and accuracy of individual computational steps are evaluated by comparing simulated and experimental spectra of d-glucose, d-glucuronic acid, N-acetyl-d-glucosamine, methyl β-d-glucopyranoside, methyl β-d-glucuronide, and methyl β-N-acetyl-d-glucosaminide. Overall, our Raman and ROA simulation protocol allows one to routinely and reliably calculate the spectra of small saccharides and opens the door to advanced applications, such as complete 3-dimensional structural determination by direct interpretation of the experimental spectra.

  • Název v anglickém jazyce

    Simulation of Raman and Raman optical activity of saccharides in solution

  • Popis výsledku anglicky

    Structural studies of sugars in solution are challenging for most of the traditional analytical techniques. Raman and Raman optical activity (ROA) spectroscopies were found to be extremely convenient for this purpose. However, Raman and ROA spectra of saccharides are challenging to interpret and model due to saccharides' flexibility and polarity. In this study, we present an optimized computational protocol that enables the simulation of the spectra efficiently. Our protocol, which results in good agreement with experiments, combines molecular dynamics and density functional theory calculations. It further uses a smart optimization procedure and a novel adaptable scaling function. The numerical stability and accuracy of individual computational steps are evaluated by comparing simulated and experimental spectra of d-glucose, d-glucuronic acid, N-acetyl-d-glucosamine, methyl β-d-glucopyranoside, methyl β-d-glucuronide, and methyl β-N-acetyl-d-glucosaminide. Overall, our Raman and ROA simulation protocol allows one to routinely and reliably calculate the spectra of small saccharides and opens the door to advanced applications, such as complete 3-dimensional structural determination by direct interpretation of the experimental spectra.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10403 - Physical chemistry

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2020

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Physical Chemistry Chemical Physics

  • ISSN

    1463-9076

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    22

  • Číslo periodika v rámci svazku

    4

  • Stát vydavatele periodika

    GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

  • Počet stran výsledku

    11

  • Strana od-do

    1983-1993

  • Kód UT WoS článku

    000510729400014

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85078685069