Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Batch-processing of imaging or liquid-chromatography mass spectrometry datasets and De Novo sequencing of polyketide siderophores

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388971%3A_____%2F17%3A00476421" target="_blank" >RIV/61388971:_____/17:00476421 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.bbapap.2016.12.003" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1016/j.bbapap.2016.12.003</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.bbapap.2016.12.003" target="_blank" >10.1016/j.bbapap.2016.12.003</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Batch-processing of imaging or liquid-chromatography mass spectrometry datasets and De Novo sequencing of polyketide siderophores

  • Popis výsledku v původním jazyce

    The open-source and cross-platform software CycloBranch was utilized for dereplication of organic compounds from mass spectrometry imaging imzML datasets and its functions were illustrated on microbial siderophores. The pixel-to-pixel batch-processing was analogous to liquid chromatography mass spectrometry data. Each data point represented here by accurate m/z values and the corresponding ion intensities was matched against integrated compound libraries. The fine isotopic structure matching was also embedded into CycloBranch dereplication process. The siderophores' characterization from single-pixel mass spectra was further supported by their de novo sequencing. New ketide building block library was utilized by CycloBranch to characterize the siderophores in images and mixtures and nomenclature of fragment ion series of linear and cyclic polyketide siderophores was proposed.

  • Název v anglickém jazyce

    Batch-processing of imaging or liquid-chromatography mass spectrometry datasets and De Novo sequencing of polyketide siderophores

  • Popis výsledku anglicky

    The open-source and cross-platform software CycloBranch was utilized for dereplication of organic compounds from mass spectrometry imaging imzML datasets and its functions were illustrated on microbial siderophores. The pixel-to-pixel batch-processing was analogous to liquid chromatography mass spectrometry data. Each data point represented here by accurate m/z values and the corresponding ion intensities was matched against integrated compound libraries. The fine isotopic structure matching was also embedded into CycloBranch dereplication process. The siderophores' characterization from single-pixel mass spectra was further supported by their de novo sequencing. New ketide building block library was utilized by CycloBranch to characterize the siderophores in images and mixtures and nomenclature of fragment ion series of linear and cyclic polyketide siderophores was proposed.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10606 - Microbiology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2017

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Biochimica Et Biophysica Acta-Proteins and Proteomics

  • ISSN

    1570-9639

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    1865

  • Číslo periodika v rámci svazku

    7

  • Stát vydavatele periodika

    NL - Nizozemsko

  • Počet stran výsledku

    8

  • Strana od-do

    768-775

  • Kód UT WoS článku

    000404825500005

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85008506431