Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Triple resonance 15N NMR relaxation experiments for studies of intrinsically disordered proteins

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388971%3A_____%2F17%3A00483356" target="_blank" >RIV/61388971:_____/17:00483356 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/68081715:_____/17:00483356 RIV/61388963:_____/17:00483356

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1007/s10858-017-0138-1" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1007/s10858-017-0138-1</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1007/s10858-017-0138-1" target="_blank" >10.1007/s10858-017-0138-1</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Triple resonance 15N NMR relaxation experiments for studies of intrinsically disordered proteins

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Description of protein dynamics is known to be essential in understanding their function. Studies based on a well established 15N NMR relaxation methodology have been applied to a large number of systems. However, the low dispersion of 1H chemical shifts very often observed within intrinsically disordered proteins complicates utilization of standard 2D HN correlated spectra because a limited number of amino acids can be characterized. Here we present a suite of triple resonance HNCO-type NMR experiments for measurements of five 15N relaxation parameters (R1, R2, NOE, cross-correlated relaxation rates gamma x and gamma z) in doubly 13C,15N-labeled proteins. We show that the third spectral dimension combined with non-uniform sampling provides relaxation rates for almost all residues of a protein with extremely poor chemical shift dispersion, the C terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis. Comparison with data obtained using a sample labeled by 15N only showed that the presence of 13C has a negligible effect on gamma x, gamma z, and on the cross-relaxation rate (calculated from NOE and R1), and that these relaxation rates can be used to calculate accurate spectral density values. Partially 13C-labeled sample was used to test if the observed increase of 15NR1 in the presence of 13C corresponds to the 15N-13C dipole-dipole interactions in the 13C,15N-labeled sample.

  • Název v anglickém jazyce

    Triple resonance 15N NMR relaxation experiments for studies of intrinsically disordered proteins

  • Popis výsledku anglicky

    Description of protein dynamics is known to be essential in understanding their function. Studies based on a well established 15N NMR relaxation methodology have been applied to a large number of systems. However, the low dispersion of 1H chemical shifts very often observed within intrinsically disordered proteins complicates utilization of standard 2D HN correlated spectra because a limited number of amino acids can be characterized. Here we present a suite of triple resonance HNCO-type NMR experiments for measurements of five 15N relaxation parameters (R1, R2, NOE, cross-correlated relaxation rates gamma x and gamma z) in doubly 13C,15N-labeled proteins. We show that the third spectral dimension combined with non-uniform sampling provides relaxation rates for almost all residues of a protein with extremely poor chemical shift dispersion, the C terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis. Comparison with data obtained using a sample labeled by 15N only showed that the presence of 13C has a negligible effect on gamma x, gamma z, and on the cross-relaxation rate (calculated from NOE and R1), and that these relaxation rates can be used to calculate accurate spectral density values. Partially 13C-labeled sample was used to test if the observed increase of 15NR1 in the presence of 13C corresponds to the 15N-13C dipole-dipole interactions in the 13C,15N-labeled sample.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10606 - Microbiology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2017

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Journal of Biomolecular NMR

  • ISSN

    0925-2738

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    69

  • Číslo periodika v rámci svazku

    3

  • Stát vydavatele periodika

    NL - Nizozemsko

  • Počet stran výsledku

    14

  • Strana od-do

    133-146

  • Kód UT WoS článku

    000416856600003

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85032189568