Inter-laboratory testing of the effect of DNA blocking reagent G2 on DNA extraction from low-biomass clay samples

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388971%3A_____%2F18%3A00499974" target="_blank" >RIV/61388971:_____/18:00499974 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1038/s41598-018-24082-y" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1038/s41598-018-24082-y</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1038/s41598-018-24082-y" target="_blank" >10.1038/s41598-018-24082-y</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Inter-laboratory testing of the effect of DNA blocking reagent G2 on DNA extraction from low-biomass clay samples

Popis výsledku v původním jazyce

Here we show that a commercial blocking reagent (G2) based on modified eukaryotic DNA significantly improved DNA extraction efficiency. We subjected G2 to an inter-laboratory testing, where DNA was extracted from the same clay subsoil using the same batch of kits. The inter-laboratory extraction campaign revealed large variation among the participating laboratories, but the reagent increased the number of PCR-amplified16S rRNA genes recovered from biomass naturally present in the soils by one log unit. An extensive sequencing approach demonstrated that the blocking reagent was free of contaminating DNA, and may therefore also be used in metagenomics studies that require direct sequencing.

Název v anglickém jazyce

Inter-laboratory testing of the effect of DNA blocking reagent G2 on DNA extraction from low-biomass clay samples

Popis výsledku anglicky

Here we show that a commercial blocking reagent (G2) based on modified eukaryotic DNA significantly improved DNA extraction efficiency. We subjected G2 to an inter-laboratory testing, where DNA was extracted from the same clay subsoil using the same batch of kits. The inter-laboratory extraction campaign revealed large variation among the participating laboratories, but the reagent increased the number of PCR-amplified16S rRNA genes recovered from biomass naturally present in the soils by one log unit. An extensive sequencing approach demonstrated that the blocking reagent was free of contaminating DNA, and may therefore also be used in metagenomics studies that require direct sequencing.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10606 - Microbiology

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2018

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Scientific Reports

ISSN

2045-2322

e-ISSN

—

Svazek periodika

8

Číslo periodika v rámci svazku

APR 9

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

6

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

000429405000011

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85045180756