Protocol to investigate gene expression heterogeneity in cyanobacteria using mRNA CARD-FISH

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388971%3A_____%2F25%3A00643708" target="_blank" >RIV/61388971:_____/25:00643708 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/60076658:12310/25:43910244

Výsledek na webu

<a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2666166725006185?via%3Dihub" target="_blank" >https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2666166725006185?via%3Dihub</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.xpro.2025.104212" target="_blank" >10.1016/j.xpro.2025.104212</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Protocol to investigate gene expression heterogeneity in cyanobacteria using mRNA CARD-FISH

Popis výsledku v původním jazyce

Here, we present a protocol for visualizing gene expression in the filamentous cyanobacterium Trichodesmium and the single-celled species Synechocystis and Cyanothece using the catalyzed reporter deposition fluorescence in situ hybridization (CARD-FISH) technique. We describe steps for fixation, agarose coating, enzymatic permeabilization, and sample handling. This protocol is broadly applicable to cyanobacteria, and the detection of rbcL mRNA in Trichodesmium, used as an example, supports its use to study the heterogeneity of physiological processes at single-cell level.

Název v anglickém jazyce

Protocol to investigate gene expression heterogeneity in cyanobacteria using mRNA CARD-FISH

Popis výsledku anglicky

Here, we present a protocol for visualizing gene expression in the filamentous cyanobacterium Trichodesmium and the single-celled species Synechocystis and Cyanothece using the catalyzed reporter deposition fluorescence in situ hybridization (CARD-FISH) technique. We describe steps for fixation, agarose coating, enzymatic permeabilization, and sample handling. This protocol is broadly applicable to cyanobacteria, and the detection of rbcL mRNA in Trichodesmium, used as an example, supports its use to study the heterogeneity of physiological processes at single-cell level.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10606 - Microbiology

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2025

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

STAR protocols

ISSN

2666-1667

e-ISSN

2666-1667

Svazek periodika

6

Číslo periodika v rámci svazku

4

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

33

Strana od-do

104212

Kód UT WoS článku

001626595300002

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-105022695509