Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Modeling the structure of crystalline alamethicin and its NMR chemical shift tensors

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389013%3A_____%2F21%3A00546945" target="_blank" >RIV/61389013:_____/21:00546945 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="https://www.mdpi.com/2079-6382/10/10/1265" target="_blank" >https://www.mdpi.com/2079-6382/10/10/1265</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.3390/antibiotics10101265" target="_blank" >10.3390/antibiotics10101265</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Modeling the structure of crystalline alamethicin and its NMR chemical shift tensors

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Alamethicin (ALM) is an antimicrobial peptide that is frequently employed in studies of the mechanism of action of pore-forming molecules. Advanced techniques of solid-state NMR spectroscopy (SSNMR) are important in these studies, as they are capable of describing the alignment of helical peptides, such as ALM, in lipid bilayers. Here, it is demonstrated how an analysis of the SSNMR measurements can benefit from fully periodic calculations, which employ the plane-wave density-functional theory (PW DFT) of the solid-phase geometry and related spectral parameters of ALM. The PW DFT calculations are used to obtain the structure of desolvated crystalline ALM and predict the NMR chemical shift tensors (CSTs) of its nuclei. A variation in the CSTs of the amidic nitrogens and carbonyl carbons along the ALM backbone is evaluated and included in simulations of the orientation-dependent anisotropic 15N and 13C chemical shift components. In this way, the influence of the site-specific structural effects on the experimentally determined orientation of ALM is shown in models of cell membranes.

  • Název v anglickém jazyce

    Modeling the structure of crystalline alamethicin and its NMR chemical shift tensors

  • Popis výsledku anglicky

    Alamethicin (ALM) is an antimicrobial peptide that is frequently employed in studies of the mechanism of action of pore-forming molecules. Advanced techniques of solid-state NMR spectroscopy (SSNMR) are important in these studies, as they are capable of describing the alignment of helical peptides, such as ALM, in lipid bilayers. Here, it is demonstrated how an analysis of the SSNMR measurements can benefit from fully periodic calculations, which employ the plane-wave density-functional theory (PW DFT) of the solid-phase geometry and related spectral parameters of ALM. The PW DFT calculations are used to obtain the structure of desolvated crystalline ALM and predict the NMR chemical shift tensors (CSTs) of its nuclei. A variation in the CSTs of the amidic nitrogens and carbonyl carbons along the ALM backbone is evaluated and included in simulations of the orientation-dependent anisotropic 15N and 13C chemical shift components. In this way, the influence of the site-specific structural effects on the experimentally determined orientation of ALM is shown in models of cell membranes.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10403 - Physical chemistry

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/LTAUSA18011" target="_blank" >LTAUSA18011: Ab initio studie polymorfismu farmaceuticky aktivních látek podpořená přesnými NMR krystalografickými a kalorimetrickými experimenty</a><br>

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2021

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Antibiotics (Basel)

  • ISSN

    2079-6382

  • e-ISSN

    2079-6382

  • Svazek periodika

    10

  • Číslo periodika v rámci svazku

    10

  • Stát vydavatele periodika

    CH - Švýcarská konfederace

  • Počet stran výsledku

    12

  • Strana od-do

    1265

  • Kód UT WoS článku

    000715441600001

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85118200430