Nový materiál pro genomiku Triticeae: BAC knihovna krátkého ramene chromozómu 1R (1RS) žita (Secale cereale L.)

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F08%3A00320014" target="_blank" >RIV/61389030:_____/08:00320014 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

A novel resource for genomics of Triticeae: BAC library specific for the short arm of rye (Secale cereale L.) chromosome 1R (1RS)

Popis výsledku v původním jazyce

Background: Genomics of rye (Secale cereale L.) is impeded by its large nuclear genome (1C7,900 Mbp) with prevalence of DNA repeats (> 90%). An attractive possibility is to dissect the genome to small parts after flow sorting particular chromosomes and chromosome arms. To test this approach, we have chosen 1RS chromosome arm, which represents only 5.6% of the total rye genome. The 1RS arm is an attractive target as it carries many important genes and because it became part of the wheat gene pool as the1BL.1RS translocation. Results: We demonstrate that it is possible to sort 1RS arm from wheat-rye ditelosomic addition line. Using this approach, we isolated over 10 million of 1RS arms using flow sorting and used their DNA to construct a 1RS-specific BAC library, which comprises 103,680 clones with average insert size of 73 kb. The library comprises two sublibraries constructed using HindIII and EcoRI and provides a deep coverage of about 14-fold of the 1RS arm (442 Mbp). We present pre

Název v anglickém jazyce

A novel resource for genomics of Triticeae: BAC library specific for the short arm of rye (Secale cereale L.) chromosome 1R (1RS)

Popis výsledku anglicky

Background: Genomics of rye (Secale cereale L.) is impeded by its large nuclear genome (1C7,900 Mbp) with prevalence of DNA repeats (> 90%). An attractive possibility is to dissect the genome to small parts after flow sorting particular chromosomes and chromosome arms. To test this approach, we have chosen 1RS chromosome arm, which represents only 5.6% of the total rye genome. The 1RS arm is an attractive target as it carries many important genes and because it became part of the wheat gene pool as the1BL.1RS translocation. Results: We demonstrate that it is possible to sort 1RS arm from wheat-rye ditelosomic addition line. Using this approach, we isolated over 10 million of 1RS arms using flow sorting and used their DNA to construct a 1RS-specific BAC library, which comprises 103,680 clones with average insert size of 73 kb. The library comprises two sublibraries constructed using HindIII and EcoRI and provides a deep coverage of about 14-fold of the 1RS arm (442 Mbp). We present pre

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

EB - Genetika a molekulární biologie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2008

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

B M C Genomics

ISSN

1471-2164

e-ISSN

—

Svazek periodika

9

Číslo periodika v rámci svazku

237

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

9

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

000256400500002

EID výsledku v databázi Scopus

—