The ITS1-5.8S-ITS2 Sequence Region in the Musaceae: Structure, Diversity and Use in Molecular Phylogeny
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F11%3A00365197" target="_blank" >RIV/61389030:_____/11:00365197 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0017863" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0017863</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0017863" target="_blank" >10.1371/journal.pone.0017863</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
The ITS1-5.8S-ITS2 Sequence Region in the Musaceae: Structure, Diversity and Use in Molecular Phylogeny
Popis výsledku v původním jazyce
Genes coding for 45S ribosomal RNA are organized in tandem arrays of up to several thousand copies and contain 18S, 5.8S and 26S rRNA units separated by internal transcribed spacers ITS1 and ITS2. While the rRNA units are evolutionary conserved, ITS showhigh level of interspecific divergence and have been used frequently in genetic diversity and phylogenetic studies. In this work we report on the structure and diversity of the ITS region in 87 representatives of the family Musaceae. We provide the first detailed information on ITS sequence diversity in the genus Musa and describe the presence of more than one type of ITS sequence within individual species. Both Sanger sequencing of amplified ITS regions and whole genome 454 sequencing lead to similarphylogenetic inferences. We show that it is necessary to identify putative pseudogenic ITS sequences, which may have negative effect on phylogenetic reconstruction at lower taxonomic levels.
Název v anglickém jazyce
The ITS1-5.8S-ITS2 Sequence Region in the Musaceae: Structure, Diversity and Use in Molecular Phylogeny
Popis výsledku anglicky
Genes coding for 45S ribosomal RNA are organized in tandem arrays of up to several thousand copies and contain 18S, 5.8S and 26S rRNA units separated by internal transcribed spacers ITS1 and ITS2. While the rRNA units are evolutionary conserved, ITS showhigh level of interspecific divergence and have been used frequently in genetic diversity and phylogenetic studies. In this work we report on the structure and diversity of the ITS region in 87 representatives of the family Musaceae. We provide the first detailed information on ITS sequence diversity in the genus Musa and describe the presence of more than one type of ITS sequence within individual species. Both Sanger sequencing of amplified ITS regions and whole genome 454 sequencing lead to similarphylogenetic inferences. We show that it is necessary to identify putative pseudogenic ITS sequences, which may have negative effect on phylogenetic reconstruction at lower taxonomic levels.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2011
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
PLoS ONE
ISSN
1932-6203
e-ISSN
—
Svazek periodika
6
Číslo periodika v rámci svazku
3
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
11
Strana od-do
"e17863"-"e17863"
Kód UT WoS článku
000288809100011
EID výsledku v databázi Scopus
—