Unlocking the Barley Genome by Chromosomal and Comparative Genomics
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F11%3A00365200" target="_blank" >RIV/61389030:_____/11:00365200 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1105/tpc.110.082537" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1105/tpc.110.082537</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1105/tpc.110.082537" target="_blank" >10.1105/tpc.110.082537</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Unlocking the Barley Genome by Chromosomal and Comparative Genomics
Popis výsledku v původním jazyce
We used a novel approach that incorporated chromosome sorting, next-generation sequencing, array hybridization, and systematic exploitation of conserved synteny with model grasses to assign -86% of the estimated -32,000 barley (Hordeum vulgare) genes toindividual chromosome arms. Using a series of bioinformatically constructed genome zippers that integrate gene indices of rice (Oryza sativa), sorghum (Sorghum bicolor), and Brachypodium distachyon in a conserved synteny model, we were able to assemble 21,766 barley genes in a putative linear order. We show that the barley (H) genome displays a mosaic of structural similarity to hexaploid bread wheat (Triticum aestivum) A, B, and D subgenomes and that orthologous genes in different grasses exhibit signatures of positive selection in different lineages. We present an ordered, information-rich scaffold of the barley genome that provides a valuable and robust framework for the development of novel strategies in cereal breeding.
Název v anglickém jazyce
Unlocking the Barley Genome by Chromosomal and Comparative Genomics
Popis výsledku anglicky
We used a novel approach that incorporated chromosome sorting, next-generation sequencing, array hybridization, and systematic exploitation of conserved synteny with model grasses to assign -86% of the estimated -32,000 barley (Hordeum vulgare) genes toindividual chromosome arms. Using a series of bioinformatically constructed genome zippers that integrate gene indices of rice (Oryza sativa), sorghum (Sorghum bicolor), and Brachypodium distachyon in a conserved synteny model, we were able to assemble 21,766 barley genes in a putative linear order. We show that the barley (H) genome displays a mosaic of structural similarity to hexaploid bread wheat (Triticum aestivum) A, B, and D subgenomes and that orthologous genes in different grasses exhibit signatures of positive selection in different lineages. We present an ordered, information-rich scaffold of the barley genome that provides a valuable and robust framework for the development of novel strategies in cereal breeding.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
—
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2011
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Plant Cell
ISSN
1040-4651
e-ISSN
—
Svazek periodika
23
Číslo periodika v rámci svazku
4
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
15
Strana od-do
1249-1263
Kód UT WoS článku
000291000500010
EID výsledku v databázi Scopus
—