Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Whole-genome profiling and shotgun sequencing delivers an anchored, gene-decorated, physical map assembly of bread wheat chromosome 6A

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F14%3A00432116" target="_blank" >RIV/61389030:_____/14:00432116 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1111/tpj.12550" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1111/tpj.12550</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1111/tpj.12550" target="_blank" >10.1111/tpj.12550</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Whole-genome profiling and shotgun sequencing delivers an anchored, gene-decorated, physical map assembly of bread wheat chromosome 6A

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Bread wheat (Triticum aestivum L.) is the most important staple food crop for 35% of the world's population. International efforts are underway to facilitate an increase in wheat production, of which the International Wheat Genome Sequencing Consortium (IWGSC) plays an important role. As part of this effort, we have developed a sequence-based physical map of wheat chromosome 6A using whole-genome profiling (WGP (TM)). The bacterial artificial chromosome (BAC) contig assembly tools FINGERPRINTED CONTIG (FPC) and LINEAR TOPOLOGICAL CONTIG (LTC) were used and their contig assemblies were compared. A detailed investigation of the contigs structure revealed that LTC created a highly robust assembly compared with those formed by FPC. The LTC assemblies contained 1217 contigs for the short arm and 1113 contigs for the long arm, with an L-50 of 1 Mb. To facilitate in silico anchoring, WGP (TM) tags underlying BAC contigs were extended by wheat and wheat progenitor genome sequence information.

  • Název v anglickém jazyce

    Whole-genome profiling and shotgun sequencing delivers an anchored, gene-decorated, physical map assembly of bread wheat chromosome 6A

  • Popis výsledku anglicky

    Bread wheat (Triticum aestivum L.) is the most important staple food crop for 35% of the world's population. International efforts are underway to facilitate an increase in wheat production, of which the International Wheat Genome Sequencing Consortium (IWGSC) plays an important role. As part of this effort, we have developed a sequence-based physical map of wheat chromosome 6A using whole-genome profiling (WGP (TM)). The bacterial artificial chromosome (BAC) contig assembly tools FINGERPRINTED CONTIG (FPC) and LINEAR TOPOLOGICAL CONTIG (LTC) were used and their contig assemblies were compared. A detailed investigation of the contigs structure revealed that LTC created a highly robust assembly compared with those formed by FPC. The LTC assemblies contained 1217 contigs for the short arm and 1113 contigs for the long arm, with an L-50 of 1 Mb. To facilitate in silico anchoring, WGP (TM) tags underlying BAC contigs were extended by wheat and wheat progenitor genome sequence information.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    EB - Genetika a molekulární biologie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2014

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Plant Journal

  • ISSN

    0960-7412

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    79

  • Číslo periodika v rámci svazku

    2

  • Stát vydavatele periodika

    GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

  • Počet stran výsledku

    14

  • Strana od-do

    334-347

  • Kód UT WoS článku

    000339439200013

  • EID výsledku v databázi Scopus