Common Wheat Chromosome 5B Composition Analysis Using Low-Coverage 454 Sequencing
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F14%3A00433557" target="_blank" >RIV/61389030:_____/14:00433557 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.3835/plantgenome2013.10.0031" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.3835/plantgenome2013.10.0031</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.3835/plantgenome2013.10.0031" target="_blank" >10.3835/plantgenome2013.10.0031</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Common Wheat Chromosome 5B Composition Analysis Using Low-Coverage 454 Sequencing
Popis výsledku v původním jazyce
The sequencing of individual chromosomes of common wheat is in progress. The molecular size of wheat chromosome 5B is nearly 870 Mb (5BL = 580 Mb and 5BS = 290 Mb). We produced the first low coverage 454-sequencing of the long and short arms of wheat chromosome 5B (110,793 and 39,695 reads, which compose 8 and 6% of total 5BL and 5BS length, respectively) and calculated the ratios of the different families of repetitive sequences, including transposable elements (TEs), satellite repeats (Afa, pSc119.2,5S rDNA and 45S rDNA), and microsatellites, as well as direct and inverted repeat motifs. The TEs accounted for 70% of the total analyzed nucleotide sequences. The content of the Cereba retrotransposon family differed between the two arms of chromosome 5B. Comparing the reads of chromosome 5B with the data from chromosome 5A, we found the retrotransposons Fatima and Sakura and DNA transposon Jorge were prevalent in 5B. The hypothetical coding sequences accounted for 2.0% of the short arm
Název v anglickém jazyce
Common Wheat Chromosome 5B Composition Analysis Using Low-Coverage 454 Sequencing
Popis výsledku anglicky
The sequencing of individual chromosomes of common wheat is in progress. The molecular size of wheat chromosome 5B is nearly 870 Mb (5BL = 580 Mb and 5BS = 290 Mb). We produced the first low coverage 454-sequencing of the long and short arms of wheat chromosome 5B (110,793 and 39,695 reads, which compose 8 and 6% of total 5BL and 5BS length, respectively) and calculated the ratios of the different families of repetitive sequences, including transposable elements (TEs), satellite repeats (Afa, pSc119.2,5S rDNA and 45S rDNA), and microsatellites, as well as direct and inverted repeat motifs. The TEs accounted for 70% of the total analyzed nucleotide sequences. The content of the Cereba retrotransposon family differed between the two arms of chromosome 5B. Comparing the reads of chromosome 5B with the data from chromosome 5A, we found the retrotransposons Fatima and Sakura and DNA transposon Jorge were prevalent in 5B. The hypothetical coding sequences accounted for 2.0% of the short arm
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Plant Genome
ISSN
1940-3372
e-ISSN
—
Svazek periodika
7
Číslo periodika v rámci svazku
2
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
16
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000338834700002
EID výsledku v databázi Scopus
—