Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Exploring the tertiary gene pool of bread wheat: sequence assembly and analysis of chromosome 5M(g) of Aegilops geniculata

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F15%3A00456181" target="_blank" >RIV/61389030:_____/15:00456181 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1111/tpj.13036" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1111/tpj.13036</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1111/tpj.13036" target="_blank" >10.1111/tpj.13036</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Exploring the tertiary gene pool of bread wheat: sequence assembly and analysis of chromosome 5M(g) of Aegilops geniculata

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Next-generation sequencing (NGS) provides a powerful tool for the discovery of important genes and alleles in crop plants and their wild relatives. Despite great advances in NGS technologies, whole-genome shotgun sequencing is cost-prohibitive for species with complex genomes. An attractive option is to reduce genome complexity to a single chromosome prior to sequencing. This work describes a strategy for studying the genomes of distant wild relatives of wheat by isolating single chromosomes from addition or substitution lines, followed by chromosome sorting using flow cytometry and sequencing of chromosomal DNA by NGS technology. We flow-sorted chromosome 5M(g) from a wheat/Aegilops geniculata disomic substitution line [DS5M(g) (5D)] and sequenced itusing an Illumina HiSeq 2000 system at approximately 50 3 coverage. Paired-end sequences were assembled and used for structural and functional annotation. A total of 4236 genes were annotated on 5M(g), in close agreement with the predicte

  • Název v anglickém jazyce

    Exploring the tertiary gene pool of bread wheat: sequence assembly and analysis of chromosome 5M(g) of Aegilops geniculata

  • Popis výsledku anglicky

    Next-generation sequencing (NGS) provides a powerful tool for the discovery of important genes and alleles in crop plants and their wild relatives. Despite great advances in NGS technologies, whole-genome shotgun sequencing is cost-prohibitive for species with complex genomes. An attractive option is to reduce genome complexity to a single chromosome prior to sequencing. This work describes a strategy for studying the genomes of distant wild relatives of wheat by isolating single chromosomes from addition or substitution lines, followed by chromosome sorting using flow cytometry and sequencing of chromosomal DNA by NGS technology. We flow-sorted chromosome 5M(g) from a wheat/Aegilops geniculata disomic substitution line [DS5M(g) (5D)] and sequenced itusing an Illumina HiSeq 2000 system at approximately 50 3 coverage. Paired-end sequences were assembled and used for structural and functional annotation. A total of 4236 genes were annotated on 5M(g), in close agreement with the predicte

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    EB - Genetika a molekulární biologie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2015

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Plant Journal

  • ISSN

    0960-7412

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    84

  • Číslo periodika v rámci svazku

    4

  • Stát vydavatele periodika

    GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

  • Počet stran výsledku

    14

  • Strana od-do

    733-746

  • Kód UT WoS článku

    000368259100008

  • EID výsledku v databázi Scopus