Exploring the tertiary gene pool of bread wheat: sequence assembly and analysis of chromosome 5M(g) of Aegilops geniculata
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F15%3A00456181" target="_blank" >RIV/61389030:_____/15:00456181 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1111/tpj.13036" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1111/tpj.13036</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1111/tpj.13036" target="_blank" >10.1111/tpj.13036</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Exploring the tertiary gene pool of bread wheat: sequence assembly and analysis of chromosome 5M(g) of Aegilops geniculata
Popis výsledku v původním jazyce
Next-generation sequencing (NGS) provides a powerful tool for the discovery of important genes and alleles in crop plants and their wild relatives. Despite great advances in NGS technologies, whole-genome shotgun sequencing is cost-prohibitive for species with complex genomes. An attractive option is to reduce genome complexity to a single chromosome prior to sequencing. This work describes a strategy for studying the genomes of distant wild relatives of wheat by isolating single chromosomes from addition or substitution lines, followed by chromosome sorting using flow cytometry and sequencing of chromosomal DNA by NGS technology. We flow-sorted chromosome 5M(g) from a wheat/Aegilops geniculata disomic substitution line [DS5M(g) (5D)] and sequenced itusing an Illumina HiSeq 2000 system at approximately 50 3 coverage. Paired-end sequences were assembled and used for structural and functional annotation. A total of 4236 genes were annotated on 5M(g), in close agreement with the predicte
Název v anglickém jazyce
Exploring the tertiary gene pool of bread wheat: sequence assembly and analysis of chromosome 5M(g) of Aegilops geniculata
Popis výsledku anglicky
Next-generation sequencing (NGS) provides a powerful tool for the discovery of important genes and alleles in crop plants and their wild relatives. Despite great advances in NGS technologies, whole-genome shotgun sequencing is cost-prohibitive for species with complex genomes. An attractive option is to reduce genome complexity to a single chromosome prior to sequencing. This work describes a strategy for studying the genomes of distant wild relatives of wheat by isolating single chromosomes from addition or substitution lines, followed by chromosome sorting using flow cytometry and sequencing of chromosomal DNA by NGS technology. We flow-sorted chromosome 5M(g) from a wheat/Aegilops geniculata disomic substitution line [DS5M(g) (5D)] and sequenced itusing an Illumina HiSeq 2000 system at approximately 50 3 coverage. Paired-end sequences were assembled and used for structural and functional annotation. A total of 4236 genes were annotated on 5M(g), in close agreement with the predicte
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2015
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Plant Journal
ISSN
0960-7412
e-ISSN
—
Svazek periodika
84
Číslo periodika v rámci svazku
4
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
14
Strana od-do
733-746
Kód UT WoS článku
000368259100008
EID výsledku v databázi Scopus
—