Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Targeted Sequencing of the Short Arm of Chromosome 6V of a Wheat Relative Haynaldia villosa for Marker Development and Gene Mining

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F21%3A00551743" target="_blank" >RIV/61389030:_____/21:00551743 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="http://doi.org/10.3390/agronomy11091695" target="_blank" >http://doi.org/10.3390/agronomy11091695</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.3390/agronomy11091695" target="_blank" >10.3390/agronomy11091695</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Targeted Sequencing of the Short Arm of Chromosome 6V of a Wheat Relative Haynaldia villosa for Marker Development and Gene Mining

  • Popis výsledku v původním jazyce

    The short arm of chromosome 6V (6VS) of Haynaldia villosa has been used in wheat breeding programs to introduce Pm21 resistance gene against powdery mildew (Pm) and some other genes. In this this study, 6VS was flow-sorted from wheat-H. villosa ditelosomic addition line Dt6VS and sequenced by Illumina technology. An assembly of 230.39 Mb was built with contig N50 of 9.788 bp. In total, 3.276 high-confidence genes were annotated and supported by RNA sequencing data. Repetitive elements represented 74.91% of the 6VS assembly. The 6VS homologous genes were identified on homologous group 6 in six Triticeae species confirming their synteny relationships. Out of 45 NB-ARC domain proteins identified on 6VS, 15 were upregulated and might also be involved in the innate immunity of H. villosa to Pm. High thousand grain weight (TGW) for 6VS/6AL translocation line was not attributable to GW2-6V gene. Based on the intron size differences, 119 intron-target (IT) markers were developed to trace the 6VS chromatins introduced into wheat background. The assembled 6VS genome sequence and the developed 6VS specific IT markers in this work will facilitate the gene mining and utilization of agronomic important genes on 6VS.

  • Název v anglickém jazyce

    Targeted Sequencing of the Short Arm of Chromosome 6V of a Wheat Relative Haynaldia villosa for Marker Development and Gene Mining

  • Popis výsledku anglicky

    The short arm of chromosome 6V (6VS) of Haynaldia villosa has been used in wheat breeding programs to introduce Pm21 resistance gene against powdery mildew (Pm) and some other genes. In this this study, 6VS was flow-sorted from wheat-H. villosa ditelosomic addition line Dt6VS and sequenced by Illumina technology. An assembly of 230.39 Mb was built with contig N50 of 9.788 bp. In total, 3.276 high-confidence genes were annotated and supported by RNA sequencing data. Repetitive elements represented 74.91% of the 6VS assembly. The 6VS homologous genes were identified on homologous group 6 in six Triticeae species confirming their synteny relationships. Out of 45 NB-ARC domain proteins identified on 6VS, 15 were upregulated and might also be involved in the innate immunity of H. villosa to Pm. High thousand grain weight (TGW) for 6VS/6AL translocation line was not attributable to GW2-6V gene. Based on the intron size differences, 119 intron-target (IT) markers were developed to trace the 6VS chromatins introduced into wheat background. The assembled 6VS genome sequence and the developed 6VS specific IT markers in this work will facilitate the gene mining and utilization of agronomic important genes on 6VS.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10608 - Biochemistry and molecular biology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/EF16_019%2F0000827" target="_blank" >EF16_019/0000827: Rostliny jako prostředek udržitelného globálního rozvoje</a><br>

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2021

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Agronomy

  • ISSN

    2073-4395

  • e-ISSN

    2073-4395

  • Svazek periodika

    11

  • Číslo periodika v rámci svazku

    9

  • Stát vydavatele periodika

    CH - Švýcarská konfederace

  • Počet stran výsledku

    14

  • Strana od-do

    1695

  • Kód UT WoS článku

    000699630900001

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85114692432