Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Multi-Omics Analysis Reveals a HIF Network and Hub Gene EPAS1 Associated with Lung Adenocarcinoma

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61988987%3A17110%2F18%3AA20020PR" target="_blank" >RIV/61988987:17110/18:A20020PR - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/61989592:15120/18:73589775

  • Výsledek na webu

    <a href="https://journals.plos.org/plosone/article/file?id=10.1371/journal.pone.0192999&type=printable" target="_blank" >https://journals.plos.org/plosone/article/file?id=10.1371/journal.pone.0192999&type=printable</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.ebiom.2018.05.024" target="_blank" >10.1016/j.ebiom.2018.05.024</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Multi-Omics Analysis Reveals a HIF Network and Hub Gene EPAS1 Associated with Lung Adenocarcinoma

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Abstract Recent technological advancements have permitted high-throughput measurement of the human genome, epigenome, metabolome, transcriptome, and proteome at the population level. We hypothesized that subsets of genes identified from omic studies might have closely related biological functions and thus might interact directly at the network level. Therefore, we conducted an integrative analysis of multi-omic datasets of non-small cell lung cancer (NSCLC) to search for association patterns beyond the genome and transcriptome. A large, complex, and robust gene network containing well-known lung cancer-related genes, including EGFR and TERT, was identified from combined gene lists for lung adenocarcinoma. Members of the hypoxia-inducible factor (HIF) gene family were at the center of this network. Subsequent sequencing of network hub genes within a subset of samples from the Transdisciplinary Research in Cancer of the Lung-International Lung Cancer Consortium (TRICL-ILCCO) consortium revealed a SNP (rs12614710) in EPAS1 associated with NSCLC that reached genome-wide significance (OR = 1.50; 95% CI: 1.31–1.72; p = 7.75 × 10−9). Using imputed data, we found that this SNP remained significant in the entire TRICL-ILCCO consortium (p = .03). Additional functional studies are warranted to better understand interrelationships among genetic polymorphisms, DNA methylation status, and EPAS1 expression.

  • Název v anglickém jazyce

    Multi-Omics Analysis Reveals a HIF Network and Hub Gene EPAS1 Associated with Lung Adenocarcinoma

  • Popis výsledku anglicky

    Abstract Recent technological advancements have permitted high-throughput measurement of the human genome, epigenome, metabolome, transcriptome, and proteome at the population level. We hypothesized that subsets of genes identified from omic studies might have closely related biological functions and thus might interact directly at the network level. Therefore, we conducted an integrative analysis of multi-omic datasets of non-small cell lung cancer (NSCLC) to search for association patterns beyond the genome and transcriptome. A large, complex, and robust gene network containing well-known lung cancer-related genes, including EGFR and TERT, was identified from combined gene lists for lung adenocarcinoma. Members of the hypoxia-inducible factor (HIF) gene family were at the center of this network. Subsequent sequencing of network hub genes within a subset of samples from the Transdisciplinary Research in Cancer of the Lung-International Lung Cancer Consortium (TRICL-ILCCO) consortium revealed a SNP (rs12614710) in EPAS1 associated with NSCLC that reached genome-wide significance (OR = 1.50; 95% CI: 1.31–1.72; p = 7.75 × 10−9). Using imputed data, we found that this SNP remained significant in the entire TRICL-ILCCO consortium (p = .03). Additional functional studies are warranted to better understand interrelationships among genetic polymorphisms, DNA methylation status, and EPAS1 expression.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    30302 - Epidemiology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

  • Návaznosti

    V - Vyzkumna aktivita podporovana z jinych verejnych zdroju

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2018

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    EBIOMEDICINE

  • ISSN

    2352-3964

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    32

  • Číslo periodika v rámci svazku

    2018

  • Stát vydavatele periodika

    NL - Nizozemsko

  • Počet stran výsledku

    8

  • Strana od-do

    93-101

  • Kód UT WoS článku

    000436312000014

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85047757715