Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Initial Validation Result: Portability Analysis and Continuous Validation of the Methodology

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989100%3A27740%2F22%3A10251192" target="_blank" >RIV/61989100:27740/22:10251192 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="https://ec.europa.eu/research/participants/documents/downloadPublic?documentIds=080166e5eea635f8&appId=PPGMS" target="_blank" >https://ec.europa.eu/research/participants/documents/downloadPublic?documentIds=080166e5eea635f8&appId=PPGMS</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Initial Validation Result: Portability Analysis and Continuous Validation of the Methodology

  • Popis výsledku v původním jazyce

    This document describes top-level components of LIGATE and its deployment across clusters available in the project. We start a description of the pipeline components which include the docking software LiGen, GROMACS for calculating ligand-protein binding free energies with molecular dynamics, modules based on machine learning for binding affinity prediction and HyperQueue for running the tasks on an HPC cluster. We then describe the validation strategies used for these components. An important aspect of LIGATE is software portability over heterogenous architectures, so we devote the next section to a portability analysis for LiGen using a range of architectures with different programming models such as CUDA and SYCL. Finally, we demonstrate for the first time in the project, the validation of the full (but draft) pipeline as required by milestone MS2. This draft execution of the pipeline was run on conventional resources on the Karolina supercomputer at IT4I, but it is expected to repeat the experiments on the CINECA M100 system within the next few weeks.

  • Název v anglickém jazyce

    Initial Validation Result: Portability Analysis and Continuous Validation of the Methodology

  • Popis výsledku anglicky

    This document describes top-level components of LIGATE and its deployment across clusters available in the project. We start a description of the pipeline components which include the docking software LiGen, GROMACS for calculating ligand-protein binding free energies with molecular dynamics, modules based on machine learning for binding affinity prediction and HyperQueue for running the tasks on an HPC cluster. We then describe the validation strategies used for these components. An important aspect of LIGATE is software portability over heterogenous architectures, so we devote the next section to a portability analysis for LiGen using a range of architectures with different programming models such as CUDA and SYCL. Finally, we demonstrate for the first time in the project, the validation of the full (but draft) pipeline as required by milestone MS2. This draft execution of the pipeline was run on conventional resources on the Karolina supercomputer at IT4I, but it is expected to repeat the experiments on the CINECA M100 system within the next few weeks.

Klasifikace

  • Druh

    V<sub>utaj</sub> - Výzkumná zpráva obsahující utajované informace

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10200 - Computer and information sciences

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/MC2102" target="_blank" >MC2102: Ligand Generator and portable drug discovery platform AT Exascale (Ligate)</a><br>

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2022

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Počet stran výsledku

    18

  • Místo vydání

  • Název nakladatele resp. objednatele

    EuroHPC

  • Verze