Genotypizace KRAS, NRAS a BRAF rychlým masivně paralelním sekvenováním (NGS fastRAS)

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15110%2F17%3A73597653" target="_blank" >RIV/61989592:15110/17:73597653 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Genotypizace KRAS, NRAS a BRAF rychlým masivně paralelním sekvenováním (NGS fastRAS)

Popis výsledku v původním jazyce

FastRAS postup slouží pro rychlou přípravu sekvenační knihovny potřebné pro genotypizaci genů KRAS, NRAS (kodony 12, 13, 59, 61, 117, 146) a BRAF (kodon 600). Informace o mutačním statusu těchto genů je vyžadována pro indikaci správné terapie metastazujících kolorektálních nádorů léčivy panitumumab anebo cetuximab a případně pro prognózu onemocnění. Mutační status BRAF vypovídá navíc o indikaci pacientů s melanomem k léčbě vemurafenibem. Postup je navržen tak, aby bylo možné zpracovat paralelně až 18 vzorků (16 vyšetření a 2 kontrolní vzorky DNA) a následně je sekvenovat v jednom sekvenačním běhu na přístroji Illumina MiSeq. Masivní paralelní sekvenování umožnuje sekvenovat všechny požadované úseky DNA se sekvenačním pokrytím v rádu tisíců pro každý vzorek a metoda je proto vysoce citlivá a dokáže odhalit somatickou mutaci nacházející se ve vzorku ve frekvenci od 1%, příp. od 5%.

Název v anglickém jazyce

Genotyping of KRAS, NRAS and BRAF by Fast Massively Parallel Sequencing (NGS fastRAS)

Popis výsledku anglicky

The FastRAS procedure serves to rapidly prepare a sequencing library required for genotyping the KRAS, NRAS genes (codons 12, 13, 59, 61, 117, 146) and BRAF (codon 600). Information on the mutational status of these genes is required to indicate proper therapy of metastatic colorectal tumors with panitumumab or cetuximab and, optionally, for disease prognosis. In addition, the mutation status of BRAF is indicative of an indication of melanoma patients for treatment with vemurafenib. The procedure is designed to process up to 18 samples (16 examinations and 2 control DNA samples) in parallel and sequenced in one sequential run on the Illumina MiSeq. Massive parallel sequencing allows the sequencing of all desired DNA segments with sequential coverage in the order of thousands for each sample, and the method is therefore highly sensitive and can detect the somatic mutation found in the sample at a frequency of 1% or more. from 5%.

Druh

N_metC - Metodiky certifikované oprávněným orgánem

CEP obor

—

OECD FORD obor

10608 - Biochemistry and molecular biology

Projekt

<a href="/cs/project/TE02000058" target="_blank" >TE02000058: Centrum kompetence pro molekulární diagnostiku a personalizovanou medicínu</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2017

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

C_SOP_10/b

Číslo předpisu

211/2017

Technické parametry

Základním parametrem je specificita a senzitivita (dosažené hodnoty 100% a 100%) metody, která byly v rámci validace ověřeny na sadě 36 vzorků v porovnaní s referenční akreditovanou metodou předchozí generace. Dalším důležitým parametrem je čas celkového zpracování (příprava sekvenační knihovny, sekvenování a zpracování dat), který je do 24 h. Výsledek je zatím využíván interně na ÚMTM LF UPOL buď v rámci akreditované rutinní diagnostiky RAS mutací,nebo pro výzkumné účely v rámci vybraných projektu. Osvědčení o akreditaci: 597/2019

Ekonomické parametry

Použitím nové metodiky dochází k 38% úsporám nákladů na chemikálie. V objemu vzorků cca 200 ročně se jedná o celkově ušetřenou sumu cca 150 t. Kč. Současně se snížil čas zpracování výsledku o 24 hodin, což je zvýšení komfortu služeb a určitý klinický benefit pro pacienta, který může přinést zvýšení efektivity procesu onkoléčby a práce onkologa. Čas zpracování vzorku v laboratoři (hands on time) jsme snížili 5.5x násobně, co vede k úsporám personálních nákladů resp. možnosti využití času laborantkami na jiné požadované činnosti.

Označení certifikačního orgánu

Český institut pro akreditaci, o.p.s., Olšanská 54/3, Praha

Datum certifikace

—

Způsoby využití výsledku

A - Výsledek využívá pouze poskytovatel