Does Stacking Restrain the Photodynamics of Individual Nucleobases?

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F10%3A10215953" target="_blank" >RIV/61989592:15310/10:10215953 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/61388963:_____/10:00346458

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Does Stacking Restrain the Photodynamics of Individual Nucleobases?

Popis výsledku v původním jazyce

Nonadiabatic photodynamical simulations of 4-aminopyrimidine (4-APy) used as a model for adenine were performed by embedding it between two stacking methyl-guanine (mGua) molecules to determine the effect of spatial restrictions on the ultrafast photodeactivation mechanism of this nucleobase. During the dynamics the formation of a significant fraction of intrastrand hydrogen bonding from 4-APy to mGua above and below is observed. These findings show that this type of hydrogen bond may play an importantrole for the photodynamics within one DNA strand and that it should be of interest even in irregular segments of double stranded nucleic acids structures. The relaxation mechanism of internal conversion to the ground state is dominated by ring puckering,and an overall elongation of the lifetime by ?20% as compared to the isolated 4-APy is computed.

Název v anglickém jazyce

Does Stacking Restrain the Photodynamics of Individual Nucleobases?

Popis výsledku anglicky

Nonadiabatic photodynamical simulations of 4-aminopyrimidine (4-APy) used as a model for adenine were performed by embedding it between two stacking methyl-guanine (mGua) molecules to determine the effect of spatial restrictions on the ultrafast photodeactivation mechanism of this nucleobase. During the dynamics the formation of a significant fraction of intrastrand hydrogen bonding from 4-APy to mGua above and below is observed. These findings show that this type of hydrogen bond may play an importantrole for the photodynamics within one DNA strand and that it should be of interest even in irregular segments of double stranded nucleic acids structures. The relaxation mechanism of internal conversion to the ground state is dominated by ring puckering,and an overall elongation of the lifetime by ?20% as compared to the isolated 4-APy is computed.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2010

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of American Chemical Society

ISSN

0002-7863

e-ISSN

—

Svazek periodika

132

Číslo periodika v rámci svazku

24

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

3

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—