Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Refinement of the Cornell et al. Nucleic Acids Force Field Based on Reference Quantum Chemical Calculations of Glycosidic Torsion Profiles.

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F11%3A10224678" target="_blank" >RIV/61989592:15310/11:10224678 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/68081707:_____/11:00370426

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1021/ct200162x" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/ct200162x</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1021/ct200162x" target="_blank" >10.1021/ct200162x</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Refinement of the Cornell et al. Nucleic Acids Force Field Based on Reference Quantum Chemical Calculations of Glycosidic Torsion Profiles.

  • Popis výsledku v původním jazyce

    We report a reparameterization of the glycosidic torsion chi of the Cornell et al. AMBER force field for RNA, chi(OL). The parameters remove destabilization of the anti region found in the ff99 force field and thus prevent formation of spurious ladder-like structural distortions in RNA simulations. They also improve the description of the syn region and the syn/anti balance as well as enhance MD simulations of various RNA structures. Our parametrization is based on high-level QM calculations and differsfrom conventional parametrization approaches in that it incorporates some previously neglected solvation related effects (which appear to be essential for obtaining correct anti/high-anti balance).

  • Název v anglickém jazyce

    Refinement of the Cornell et al. Nucleic Acids Force Field Based on Reference Quantum Chemical Calculations of Glycosidic Torsion Profiles.

  • Popis výsledku anglicky

    We report a reparameterization of the glycosidic torsion chi of the Cornell et al. AMBER force field for RNA, chi(OL). The parameters remove destabilization of the anti region found in the ff99 force field and thus prevent formation of spurious ladder-like structural distortions in RNA simulations. They also improve the description of the syn region and the syn/anti balance as well as enhance MD simulations of various RNA structures. Our parametrization is based on high-level QM calculations and differsfrom conventional parametrization approaches in that it incorporates some previously neglected solvation related effects (which appear to be essential for obtaining correct anti/high-anti balance).

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2011

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Journal of Chemical Theory and Computation

  • ISSN

    1549-9618

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    7

  • Číslo periodika v rámci svazku

    9

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    7

  • Strana od-do

    2886-2902

  • Kód UT WoS článku

    000294790400025

  • EID výsledku v databázi Scopus