Refinement of the Cornell et al. Nucleic Acids Force Field Based on Reference Quantum Chemical Calculations of Glycosidic Torsion Profiles.
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F11%3A10224678" target="_blank" >RIV/61989592:15310/11:10224678 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/68081707:_____/11:00370426
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/ct200162x" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/ct200162x</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/ct200162x" target="_blank" >10.1021/ct200162x</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Refinement of the Cornell et al. Nucleic Acids Force Field Based on Reference Quantum Chemical Calculations of Glycosidic Torsion Profiles.
Popis výsledku v původním jazyce
We report a reparameterization of the glycosidic torsion chi of the Cornell et al. AMBER force field for RNA, chi(OL). The parameters remove destabilization of the anti region found in the ff99 force field and thus prevent formation of spurious ladder-like structural distortions in RNA simulations. They also improve the description of the syn region and the syn/anti balance as well as enhance MD simulations of various RNA structures. Our parametrization is based on high-level QM calculations and differsfrom conventional parametrization approaches in that it incorporates some previously neglected solvation related effects (which appear to be essential for obtaining correct anti/high-anti balance).
Název v anglickém jazyce
Refinement of the Cornell et al. Nucleic Acids Force Field Based on Reference Quantum Chemical Calculations of Glycosidic Torsion Profiles.
Popis výsledku anglicky
We report a reparameterization of the glycosidic torsion chi of the Cornell et al. AMBER force field for RNA, chi(OL). The parameters remove destabilization of the anti region found in the ff99 force field and thus prevent formation of spurious ladder-like structural distortions in RNA simulations. They also improve the description of the syn region and the syn/anti balance as well as enhance MD simulations of various RNA structures. Our parametrization is based on high-level QM calculations and differsfrom conventional parametrization approaches in that it incorporates some previously neglected solvation related effects (which appear to be essential for obtaining correct anti/high-anti balance).
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2011
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Chemical Theory and Computation
ISSN
1549-9618
e-ISSN
—
Svazek periodika
7
Číslo periodika v rámci svazku
9
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
7
Strana od-do
2886-2902
Kód UT WoS článku
000294790400025
EID výsledku v databázi Scopus
—