Understanding RNA Flexibility Using Explicit Solvent Simulations: The Ribosomal and Group I Intron Reverse Kink-Turn Motifs

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F11%3A10224797" target="_blank" >RIV/61989592:15310/11:10224797 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68081707:_____/11:00370399 RIV/61388963:_____/11:00370399

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1021/ct200204t" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/ct200204t</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1021/ct200204t" target="_blank" >10.1021/ct200204t</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Understanding RNA Flexibility Using Explicit Solvent Simulations: The Ribosomal and Group I Intron Reverse Kink-Turn Motifs

Popis výsledku v původním jazyce

We report unrestrained, explicit solvent molecular dynamics simulations of ribosomal and intron reverse kink-turns (54 simulations in total) with different variants (ff94, ff99, ff99bsc0, ff99chiOL, and ff99bsc0chiOL) of the Cornell et al. force field. The simulations characterize the directional intrinsic flexibility of reverse kink-turns pertinent to their folded functional geometries. The reverse kink-turns are the most flexible RNA motifs studied so far by explicit solvent simulations which are capable at the present simulation time scale to spontaneously and reversibly sample a wide range of geometries from tightly kinked ones through flexible intermediates up to extended, unkinked structures. Among the tested force fields, the latest chiOL variant is essential to obtaining stable trajectories while all force field versions lacking the chi correction are prone to a swift degradation toward senseless ladder-like structures of stems, characterized by high-anti glycosidic torsions.

Název v anglickém jazyce

Understanding RNA Flexibility Using Explicit Solvent Simulations: The Ribosomal and Group I Intron Reverse Kink-Turn Motifs

Popis výsledku anglicky

We report unrestrained, explicit solvent molecular dynamics simulations of ribosomal and intron reverse kink-turns (54 simulations in total) with different variants (ff94, ff99, ff99bsc0, ff99chiOL, and ff99bsc0chiOL) of the Cornell et al. force field. The simulations characterize the directional intrinsic flexibility of reverse kink-turns pertinent to their folded functional geometries. The reverse kink-turns are the most flexible RNA motifs studied so far by explicit solvent simulations which are capable at the present simulation time scale to spontaneously and reversibly sample a wide range of geometries from tightly kinked ones through flexible intermediates up to extended, unkinked structures. Among the tested force fields, the latest chiOL variant is essential to obtaining stable trajectories while all force field versions lacking the chi correction are prone to a swift degradation toward senseless ladder-like structures of stems, characterized by high-anti glycosidic torsions.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2011

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Chemical Theory and Computation

ISSN

1549-9618

e-ISSN

—

Svazek periodika

7

Číslo periodika v rámci svazku

9

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

18

Strana od-do

2963-2980

Kód UT WoS článku

000294790400032

EID výsledku v databázi Scopus

—