Toward Improved Description of DNA Backbone: Revisiting Epsilon and Zeta Torsion Force Field Parameters

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F13%3A33148177" target="_blank" >RIV/61989592:15310/13:33148177 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68081707:_____/13:00394840 RIV/00216224:14740/13:00069532

Výsledek na webu

<a href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct400154j" target="_blank" >http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct400154j</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1021/ct400154j" target="_blank" >10.1021/ct400154j</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Toward Improved Description of DNA Backbone: Revisiting Epsilon and Zeta Torsion Force Field Parameters

Popis výsledku v původním jazyce

We present a refinement of the backbone torsion parameters epsilon and zeta of the Cornell et al. AMBER force field for DNA simulations. The new parameters, denoted as epsilon zeta(OL1), were derived from quantum-mechanical calculations with inclusion ofconformation-dependent solvation effects according to the recently reported methodology (J. Chem. Theory Comput. 2012, 7 (9), 2886-2902). The performance of the refined parameters was analyzed by means of extended molecular dynamics (MD) simulations forseveral representative systems. The results showed that the epsilon zeta(OL1) refinement improves the backbone description of B-DNA double helices and the G-DNA stem. In B-DNA simulations, we observed an average increase of the helical twist and narrowing of the major groove, thus achieving better agreement with X-ray and solution NMR data. The balance between populations of BI and BII backbone substates was shifted toward the BII state, in better agreement with ensemble-refined solutio

Název v anglickém jazyce

Toward Improved Description of DNA Backbone: Revisiting Epsilon and Zeta Torsion Force Field Parameters

Popis výsledku anglicky

We present a refinement of the backbone torsion parameters epsilon and zeta of the Cornell et al. AMBER force field for DNA simulations. The new parameters, denoted as epsilon zeta(OL1), were derived from quantum-mechanical calculations with inclusion ofconformation-dependent solvation effects according to the recently reported methodology (J. Chem. Theory Comput. 2012, 7 (9), 2886-2902). The performance of the refined parameters was analyzed by means of extended molecular dynamics (MD) simulations forseveral representative systems. The results showed that the epsilon zeta(OL1) refinement improves the backbone description of B-DNA double helices and the G-DNA stem. In B-DNA simulations, we observed an average increase of the helical twist and narrowing of the major groove, thus achieving better agreement with X-ray and solution NMR data. The balance between populations of BI and BII backbone substates was shifted toward the BII state, in better agreement with ensemble-refined solutio

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2013

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Chemical Theory and Computation

ISSN

1549-9618

e-ISSN

—

Svazek periodika

9

Číslo periodika v rámci svazku

5

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

16

Strana od-do

2339-2354

Kód UT WoS článku

000319184800020

EID výsledku v databázi Scopus

—