Molecular Dynamics Simulations of Nucleic Acids. From Tetranucleotides to the Ribosome

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F14%3A33152293" target="_blank" >RIV/61989592:15310/14:33152293 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68081707:_____/14:00435961 RIV/00216224:14740/14:00076672

Výsledek na webu

<a href="http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jz500557y" target="_blank" >http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jz500557y</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1021/jz500557y" target="_blank" >10.1021/jz500557y</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Molecular Dynamics Simulations of Nucleic Acids. From Tetranucleotides to the Ribosome

Popis výsledku v původním jazyce

We present a brief overview of explicit solvent molecular dynamics (MD) simulations of nucleic acids. We explain physical chemistry limitations of the simulations, namely, the molecular mechanics (MM) force field (FF) approximation and limited time scale. Further, we discuss relations and differences between simulations and experiments, compare standard and enhanced sampling simulations, discuss the role of starting structures, comment on different versions of nucleic acid FFs, and relate MM computations with contemporary quantum chemistry. Despite its limitations, we show that MD is a powerful technique for studying the structural dynamics of nucleic acids with a fast growing potential that substantially complements experimental results and aids theirinterpretation.

Název v anglickém jazyce

Molecular Dynamics Simulations of Nucleic Acids. From Tetranucleotides to the Ribosome

Popis výsledku anglicky

We present a brief overview of explicit solvent molecular dynamics (MD) simulations of nucleic acids. We explain physical chemistry limitations of the simulations, namely, the molecular mechanics (MM) force field (FF) approximation and limited time scale. Further, we discuss relations and differences between simulations and experiments, compare standard and enhanced sampling simulations, discuss the role of starting structures, comment on different versions of nucleic acid FFs, and relate MM computations with contemporary quantum chemistry. Despite its limitations, we show that MD is a powerful technique for studying the structural dynamics of nucleic acids with a fast growing potential that substantially complements experimental results and aids theirinterpretation.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2014

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Physical Chemistry Letters

ISSN

1948-7185

e-ISSN

—

Svazek periodika

5

Číslo periodika v rámci svazku

10

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

12

Strana od-do

"1771?1782"

Kód UT WoS článku

000336199000027

EID výsledku v databázi Scopus

—