Comparison of three nature inspired molecular docking algorithms

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F21%3A73607159" target="_blank" >RIV/61989592:15310/21:73607159 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/61989592:15640/21:73607159

Výsledek na webu

<a href="http://www.inderscience.com/offer.php?id=113362" target="_blank" >http://www.inderscience.com/offer.php?id=113362</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1504/IJBIC.2021.113362" target="_blank" >10.1504/IJBIC.2021.113362</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Comparison of three nature inspired molecular docking algorithms

Popis výsledku v původním jazyce

Molecular docking uses different methods to generate and evaluate the binding between a receptor and a ligand. Three nature-inspired docking programs are compared on a test set of 65 receptor-ligand pairs. AutoDock uses a genetic algorithm inspired by the process of natural selection; PSOVina2LS uses the particle swarm optimisation method, based on the behaviour of animal flocks and PLANTS uses an algorithm based on ant colonies. Using the default parameters, PSOVina2LS achieved the best performance with respect to time required and docking accuracy, followed by PLANTS and, with a large gap, AutoDock. However, all the programs exhibited difficulties with redocking of ligands with more than ten rotable bonds. Copyright © 2021 Inderscience Enterprises Ltd.

Název v anglickém jazyce

Comparison of three nature inspired molecular docking algorithms

Popis výsledku anglicky

Molecular docking uses different methods to generate and evaluate the binding between a receptor and a ligand. Three nature-inspired docking programs are compared on a test set of 65 receptor-ligand pairs. AutoDock uses a genetic algorithm inspired by the process of natural selection; PSOVina2LS uses the particle swarm optimisation method, based on the behaviour of animal flocks and PLANTS uses an algorithm based on ant colonies. Using the default parameters, PSOVina2LS achieved the best performance with respect to time required and docking accuracy, followed by PLANTS and, with a large gap, AutoDock. However, all the programs exhibited difficulties with redocking of ligands with more than ten rotable bonds. Copyright © 2021 Inderscience Enterprises Ltd.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

21001 - Nano-materials (production and properties)

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2021

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

International Journal of Bio-Inspired Computation

ISSN

1758-0366

e-ISSN

—

Svazek periodika

2021 (17)

Číslo periodika v rámci svazku

1

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

8

Strana od-do

34-41

Kód UT WoS článku

000626056300004

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85102042745