Image-analysis software for plant freezing tolerance testing.
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F22%3A73614488" target="_blank" >RIV/61989592:15310/22:73614488 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="https://github.com/frycaktadeas/Selgen" target="_blank" >https://github.com/frycaktadeas/Selgen</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Image-analysis software for plant freezing tolerance testing.
Popis výsledku v původním jazyce
The purpose of the software is to detect regenerating seedling of wheat (Triticum aestivum L.) after freezing tests. Plants are cultivated in standardized sedling trays and regularly imagined by standardized imaging tool. Each tray contains multiple genotypes including negative and positive controls. Images obtained by imaging station are further processed by here described algorithm to evaluate percentage of greening seedlings with the tray. The software is designed to evaluate batch of images generated with experimental design of Selgen company. The software is coded in Python3 and mainly uses OpenCV library. Single image contains two trays (left and right) of 5x8 growing areas. This is region of interest (ROI) for further analysis. The goal is to evaluate spatial and color pattern of plant in each cell. For experiment "green" pixels are valid. What is "green" can be defined by user in global_variables.py as a thresholds for segmentation. Software suppose various image formats jpg, png, bmp, tiff, tif as an input data. The output of analysis is xlsx file described below and folder of raw images with painted trays grid and contours around crop. Detailed description and all requirements could be found here: https://github.com/frycaktadeas/Selgen
Název v anglickém jazyce
Image-analysis software for plant freezing tolerance testing.
Popis výsledku anglicky
The purpose of the software is to detect regenerating seedling of wheat (Triticum aestivum L.) after freezing tests. Plants are cultivated in standardized sedling trays and regularly imagined by standardized imaging tool. Each tray contains multiple genotypes including negative and positive controls. Images obtained by imaging station are further processed by here described algorithm to evaluate percentage of greening seedlings with the tray. The software is designed to evaluate batch of images generated with experimental design of Selgen company. The software is coded in Python3 and mainly uses OpenCV library. Single image contains two trays (left and right) of 5x8 growing areas. This is region of interest (ROI) for further analysis. The goal is to evaluate spatial and color pattern of plant in each cell. For experiment "green" pixels are valid. What is "green" can be defined by user in global_variables.py as a thresholds for segmentation. Software suppose various image formats jpg, png, bmp, tiff, tif as an input data. The output of analysis is xlsx file described below and folder of raw images with painted trays grid and contours around crop. Detailed description and all requirements could be found here: https://github.com/frycaktadeas/Selgen
Klasifikace
Druh
R - Software
CEP obor
—
OECD FORD obor
40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/QK1910041" target="_blank" >QK1910041: Využití zobrazovacích metod pro automatické fenotypování ve šlechtění na rezistenci k biotickým a abiotickým stresům u pšenice</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2022
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Interní identifikační kód produktu
QK1910041-R1
Technické parametry
Software volně šiřitelný, spoluvyužívaný vlastníkem a dalším řešitelem projektu SELTON s.r.o.
Ekonomické parametry
Metoda vyhodnocení testů mrazuvzdornosti s využitím analýzy obrazu je pro budoucí uživatele finančně dostupná. Konstrukce snímkovacího zařízení není náročná a vychází z běžně dostupných a relativně levných hardwarových zařízení. Softwarové vybavení využívá základní systémy založené na freewarových licencích a program pro vyhodnocení snímků je volně dostupným výsledkem řešení projektu QK1910041. Počáteční investice by podle našich odhadů neměla překročit 100 tisíc korun. V případě vyhodnocení pokusu pouze pomocí obrazové analýzy dojde k úspoře osobních nákladů o 30 % a energií o 10 %. Pracoviště Selgen, a.s. testuje každoročně 2500 až 3000 genotypů. Při tomto objemu testování může úspora nákladů činit 200 až 240 tis. kč ročně.
IČO vlastníka výsledku
61989592
Název vlastníka
Univerzita Palackého v Olomouci