Možnosti sběru, analýzy a správy SNP dat

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F62156489%3A43210%2F19%3A43916686" target="_blank" >RIV/62156489:43210/19:43916686 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00027014:_____/19:N0000180

Výsledek na webu

<a href="https://digi.profipress.cz/katalog/detail/nas-chov" target="_blank" >https://digi.profipress.cz/katalog/detail/nas-chov</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Možnosti sběru, analýzy a správy SNP dat

Popis výsledku v původním jazyce

Cílem práce bylo navrhnout optimální systém výběru zvířat, sběru zdrojů DNA, analýzy vzorků DNA a zjistit možnosti využití systému pro správu velkého rozsahu SNP dat pro potřeby genotypizace zvířat a následného genomického hodnocení. Jako zdroj dat byly použity reálná SNP z již probíhajícího systému genotypizace zvířat v rámci Národního programu pro šlechtění prasat - CzePig a simulovaná SNP. Reálná data představovala SNP genotypy získané analýzou DNA 24 zvířat, za pomoci PorcineSNP60 v2 BeadChips firmy Illumina s deklarovanými 64 232 SNP. Byla posouzena vhodnost standardních biologických zdrojů DNA: nesrážlivá krev, tkáň ucha, štětinové cibulky, stěr z nozder rypáku a sperma. Následně proběhlo porovnání vhodnosti vybraných metod izolace DNA: metoda precipitační, metoda CHELEX, metoda silikátové kolonky, metoda magnetosilikové partikule. Zvířata zařazená do analýzy DNA byla vybrána na základě jejich plemene a počtu potomků hodnocených v kontrole užitkovosti. Reálná data byla zpracována pomocí programu PUNK a příkazů v programu R-project. Simulovaná SNP byla generována za pomoci programu PLINK pro celkově 20 tisíc zvířat každý s počtem 64 232 SNP (resp. 10 000 SNP) ve dvou základních formátech dat. Celková velikost souboru reálných dat byla 233 MB (64K čip u 24 zvířat). Jako nejoptimálnější zdroj DNA co do jednoduchosti sběru, neinvazivnosti, pracnosti, nároků na uchování vzorků, resp. rizika znehodnocení vzorku se jeví štětinové cibulky. Jako nevhodný zdroj pro izolaci DNA u prasat byly vyhodnoceny nazální stěry. Metoda izolace DNA metodou magnetosilikové partikule se jeví jako nejoptimálnější ve vztahu k různým zdrojům DNA. Velikost souboru fiktivních dat byla až 4 GB. Pro management SNP dat byl použit program TheSNPpit. Rychlost ukládání dat se pohybovala kolem 90 milionů SNP za sekundu.

Název v anglickém jazyce

Options of collecting, analyzing and managing of SNP data

Popis výsledku anglicky

The aim of the presented study was to design an optimal system of animal selection, sample collection, sample analysis and to find out the possibilities of using a system for managing a large range of SNP data for the purposes of animal genotyping and subsequent genomic evaluation. The Real SNPs from the already existing system of animal genotyping within the National Program for Pig Breeding - CzePig and simulated SNP were used as data source. Real data represent SNPs obtained from 24 animals by using Illumina PorcineSNP60 v2 BeadChips with declared 64,232 SNPs. The suitability of standard biological sources of DNA was assessed: non-coagulated blood, ear tissue, bristly bulbs, and snout swab. Subsequently, the suitability of selected DNA isolation methods was compared: precipitation method, CHELEX method, silicate column method, magnetosilicon particle method. Animals included in DNA analysis were selected based on their breed and number of offspring evaluated in performance control... Real data were processed using PLINK and R-project commands. The simulated SNPs were generated by using the PLINK program for a total of 20k animals each with 64,232 SNPs (or 10,000 SNPs) in two basic data formats. The bristly bulbs appears to be the most optimal source of samples in terms of ease of collection, non-invasiveness, laboriousness, requirements for preservation and the risk of degradation. Nasal swabs were evaluated as completely unsuitable source for DNA analysis. The DNA isolation method by the magnetosilicon particle method seems to be the most optimal in relation to various DNA sources. The total size of the real data file was 233 MB (64K chip in 24 animals). The simulated data file size was up to 4 GB. The SNPPitit was used for SNP data management. The data storage rate was around 90 million SNPs per second.

Druh

J_ost - Ostatní články v recenzovaných periodicích

CEP obor

—

OECD FORD obor

40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology

Projekt

<a href="/cs/project/QK1910217" target="_blank" >QK1910217: Vytvoření referenční populace a vývoj postupů pro odhad genomických plemenných hodnot znaků prasat zařazených do Českého národního šlechtitelského programu.</a><br>

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2019

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Náš chov

ISSN

0027-8068

e-ISSN

—

Svazek periodika

79

Číslo periodika v rámci svazku

11

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

4

Strana od-do

31-34

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—