Systém odběru vzorků DNA

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F26162539%3A_____%2F19%3AN0000001" target="_blank" >RIV/26162539:_____/19:N0000001 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.cmsch.cz/getattachment/05e7241f-e61b-4839-8d4c-6d12e83a24f8/Metodika-k-certifikaci_NAZV-QK1910217_-2019prasata.pdf.aspx?lang=cs-CZ" target="_blank" >https://www.cmsch.cz/getattachment/05e7241f-e61b-4839-8d4c-6d12e83a24f8/Metodika-k-certifikaci_NAZV-QK1910217_-2019prasata.pdf.aspx?lang=cs-CZ</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Systém odběru vzorků DNA

Popis výsledku v původním jazyce

Cílem metodiky je: - V návaznosti na aktuální vývoj metod molekulárně genetických analýz genomu prasat definovat kritéria volby biologického vzorku určeného k izolaci genomické DNA vhodné pro aplikaci v SNP technologiích, zejména pak k analýzám na microarray´s – PorcineSNP60 v2 BeadChips Illumina. - Tradiční biologické zdroje – obvykle odběr nesrážlivé krve – nahradit neinvazivním odběrem inovativních zdrojů DNA, umožňujícím zachování welfare zvířat, souběžně s eliminací dodatečných nákladů na odběr, uchovávání a transport odebraných vzorků. - Zdůvodnit výběr inovativního biologického zdroje (zdrojů) DNA a doložit důvody jeho primární volby z hlediska účelně stanovených kritérií. - Při specifikaci kritérií volby zdroje DNA vycházet z potřeby nekonfliktního a komfortního provedení odběru zdroje DNA v podmínkách chovatelské praxe a souběžně zohlednit nároky na zpracování zdrojů DNA v rutinní servisní laboratoři, s možností uplatnit tzv. industry model průchodnosti vzorků laboratoří, potřebu automatizace metod izolace DNA a využití robotických zařízení. - Vyvinout a odzkoušet odběrovou sadu/sady pro vytipovaný zdroj/zdroje DNA, nebude-li vhodná odběrová sada komerčně dostupná. - Nabídnout chovatelům prasat a zainteresovaným organizacím jednoduchý postup, podle kterého budou v chovech prasat plošně odebírány standardizované biologické vzorky do optimalizovaných odběrových sad. - Pro potřeby tvorby referenční populace rozpracovat metody izolace genomické DNA z nestandardních biologických zdrojů – reziduální a archivní zdroje, pro případy, kdy není k dispozici zdroj standardní. - Výběrem vhodných zdrojů DNA, vypracováním postupu odběru, vývojem odběrové sady pro vybraný zdroj(e) DNA komplexně optimalizovat proces odběru a snížit riziko nutnosti opakování odběrů zdrojů DNA. - Definovat postup pro primární kontrolu kvality izolované DNA s ohledem na potřebu vyřazení nekvalitních extraktů DNA z analytických procesů ještě před aplikací na microarray´s tak, aby se minimalizovaly neúčelně vynaložené náklady. - Sofistikovaným odběrem biologického vzorku a primární kontrolou kvality izolované DNA před zařazením do genomických SNP analýz eliminovat předvídatelné příčiny absence výsledků SNP genotypizace, která vede k předražení SNP microarray´s analýz, ke zpomalení plošné SNP genotypizace prasat a v konečném důsledku limituje využití potenciálů genomických analýz v procesu šlechtění prasat.

Název v anglickém jazyce

DNA Sample Collection System

Popis výsledku anglicky

The aim of the methodology is: - In relation to the current development of methods of molecular genetic analysis of pig genome to define the criteria of biological sample selection for genomic DNA isolation suitable for application in SNP technologies, especially for microarray's - PorcineSNP60 v2 BeadChips Illumina. - Replace traditional biological sources - usually non-coagulated blood collection - by non-invasive collection of innovative DNA sources, allowing the conservation of animal welfare, while eliminating the additional costs of collecting, storing and transporting samples. - To justify the selection of the innovative biological DNA source (s) and to demonstrate the reasons for its primary selection in terms of well-defined criteria. - When specifying the criteria for selecting a DNA source, the need for a non-conflicting and comfortable DNA source collection under the conditions of breeding practice and concurrently take into account the demands on processing of DNA sources in a routine service laboratory. and the use of robotic devices. - Develop and test the sampling kit (s) for the selected DNA source (s) if a suitable sampling kit is not commercially available. - To offer pig breeders and interested organizations a simple procedure whereby standardized biological samples are to be sampled across optimized sampling kits at pig holdings. - To elaborate methods of genomic DNA isolation from non-standard biological sources - residual and archive sources, for cases where a standard source is not available. - By selecting appropriate DNA sources, developing a sampling procedure, developing a sampling kit for the selected DNA source (s), to comprehensively optimize the collection process and reduce the risk of recurrence of DNA collection. - Define a procedure for primary quality control of isolated DNA, taking into account the need to exclude poor quality DNA extracts from analytical processes prior to application to the microarray's so as to minimize unnecessary costs. - By sophisticated collection of biological samples and primary quality control of isolated DNA prior to inclusion in genomic SNP analysis, eliminate the foreseeable causes of the absence of SNP genotyping results, leading to overpricing SNP microarray analysis, slowing swine SNP genotyping and ultimately limiting the potential for genomic analysis in the process of breeding pigs.

Druh

N_metC - Metodiky certifikované oprávněným orgánem

CEP obor

—

OECD FORD obor

40201 - Animal and dairy science; (Animal biotechnology to be 4.4)

Projekt

—

Návaznosti

N - Vyzkumna aktivita podporovana z neverejnych zdroju

Rok uplatnění

2019

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

systém odběru vzorků DNA

Číslo předpisu

6995/2019-ČPI

Technické parametry

Smlouva o uplatnění certifikované metodiky č. ISBN: 978-80-87633-03-8 zpracované v rámci řešení výzkumného projektu Ministerstva zemědělství č. NAZV QK1910217 uzavřená mezi: Českomoravská společnost chovatelů a.s. se sídlem Benešovská 123, 252 09 Hradištko IČ: 26162539 DIČ: CZ26162539 zastoupená doc. Dr. Ing. Josefem Kučerou, výkonným místopředsedou představenstva (poskytovatel metodiky) a CBS - Czech Breeding Services s.r.o. se sídlem Komenského 221, 783 73 Grygov, IČ: 01383728, DIČ: CZ01383728 zastoupená Ing. Ladislavem Škařupou, ředitelem (uživatel metodiky) Osvědčení č. 6995/2019-ČPI vydala Česká plemenářská inspekce se sídlem Slezská 100/7, Praha 2, 120 00 dne 3.9.2019

Ekonomické parametry

Podle zákona č. 110/1997 Sb. O potravinách a zákona č. 154/2000 Sb. O šlechtění, plemenitbě a evidenci hospodářských zvířat ve znění pozdějších předpisů je ČMSCH, a.s. jako osoba pověřená Ministerstvem zemědělství ČR k výkonu činností podle jednotlivých bodů, povinna poskytovat spolu s plemennou knihou chovatelům a oprávněným osobám údaje, zpracovávat, zveřejňovat a evidovat výsledky, což se týká všech chovatelsky důležitých vlastností. Předpokládané ekonomické přínosy metodiky jsou kalkulovány až do výše 980,- Kč za jeden vzorek dodaný do laboratoře ve standardizovaném formátu. Jako přínos je nutno hodnotit i snížení administrativní zátěže personálu laboratoře při vyřizování žádostí o dodání nového vzorku biologického materiálu. Dalšími přínosy předkládané metodiky je rozšíření spektra technik a metodických postupů používaných v laboratoři iGenetiky. Přínosem pro uživatele metodiky je zajištění uceleného návodu pro získání biologického vzorku potřebné kvality.

Označení certifikačního orgánu

Česká plemenářská inspekce se sídlem Slezská 100/7, Praha 2, 120 00

Datum certifikace

—

Způsoby využití výsledku

C - Výsledek je využíván bez omezení okruhu uživatelů