Ten quick tips for homology modeling of high-resolution protein 3D structures
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F62156489%3A43210%2F20%3A43917727" target="_blank" >RIV/62156489:43210/20:43917727 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/00216305:26620/20:PU136581
Výsledek na webu
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1007449" target="_blank" >https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1007449</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1007449" target="_blank" >10.1371/journal.pcbi.1007449</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Ten quick tips for homology modeling of high-resolution protein 3D structures
Popis výsledku v původním jazyce
The purpose of this quick guide is to help new modelers who have little or no background in comparative modeling yet are keen to produce high-resolution protein 3D structures for their study by following systematic good modeling practices, using affordable personal computers or online computational resources. Through the available experimental 3D-structure repositories, the modeler should be able to access and use the atomic coordinates for building homology models. We also aim to provide the modeler with a rationale behind making a simple list of atomic coordinates suitable for computational analysis abiding to principles of physics (e.g., molecular mechanics). Keeping that objective in mind, these quick tips cover the process of homology modeling and some postmodeling computations such as molecular docking and molecular dynamics (MD). A brief section was left for modeling nonprotein molecules, and a short case study of homology modeling is discussed.
Název v anglickém jazyce
Ten quick tips for homology modeling of high-resolution protein 3D structures
Popis výsledku anglicky
The purpose of this quick guide is to help new modelers who have little or no background in comparative modeling yet are keen to produce high-resolution protein 3D structures for their study by following systematic good modeling practices, using affordable personal computers or online computational resources. Through the available experimental 3D-structure repositories, the modeler should be able to access and use the atomic coordinates for building homology models. We also aim to provide the modeler with a rationale behind making a simple list of atomic coordinates suitable for computational analysis abiding to principles of physics (e.g., molecular mechanics). Keeping that objective in mind, these quick tips cover the process of homology modeling and some postmodeling computations such as molecular docking and molecular dynamics (MD). A brief section was left for modeling nonprotein molecules, and a short case study of homology modeling is discussed.
Klasifikace
Druh
J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science
CEP obor
—
OECD FORD obor
10608 - Biochemistry and molecular biology
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2020
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
PLoS Computational Biology
ISSN
1553-734X
e-ISSN
—
Svazek periodika
16
Číslo periodika v rámci svazku
4
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
19
Strana od-do
"e1007449"
Kód UT WoS článku
000531366700011
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-85082980198