Automatická tvorba struktur nukleových kyselin

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F62157124%3A16370%2F06%3A00000738" target="_blank" >RIV/62157124:16370/06:00000738 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Automatic building of nucleic acids structures

Popis výsledku v původním jazyce

Molecular fragments are located in an electron density map by a phased rotation conformation and translation function, as implemented in the program NUT [1]. Two types of backbone fragments can be used.Arigid double helical fragment NAhelix of 90 atoms is used to locate stretches of regularA-RNA (DNA) structures. The position and orientation of the fragment can be refined. NAhelix is suitable for low-resolution structures. Typical RNA structure contains about 70% of the double-helical conformation. Thesecond fragment is RNAbone (17 atoms), which represents mononucleotide of phosphate-sugar- phosphate type. The fragment is flexible and all backbone torsion angles can be varied during the search. For computation reasons the search is restricted by a table of allowed conformations. The most frequent conformations were determined by a conformation family generator [2] utilizing knowledge of sugar-phosphate-sugar conformation families [3]. The RNAbone is suitable for intermediate resolutio

Název v anglickém jazyce

Automatic building of nucleic acids structures

Popis výsledku anglicky

Molecular fragments are located in an electron density map by a phased rotation conformation and translation function, as implemented in the program NUT [1]. Two types of backbone fragments can be used.Arigid double helical fragment NAhelix of 90 atoms is used to locate stretches of regularA-RNA (DNA) structures. The position and orientation of the fragment can be refined. NAhelix is suitable for low-resolution structures. Typical RNA structure contains about 70% of the double-helical conformation. Thesecond fragment is RNAbone (17 atoms), which represents mononucleotide of phosphate-sugar- phosphate type. The fragment is flexible and all backbone torsion angles can be varied during the search. For computation reasons the search is restricted by a table of allowed conformations. The most frequent conformations were determined by a conformation family generator [2] utilizing knowledge of sugar-phosphate-sugar conformation families [3]. The RNAbone is suitable for intermediate resolutio

Druh

M - Uspořádání konference

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

—

Návaznosti

S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2006

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Místo konání akce

Leuven

Stát konání akce

DK - Dánské království

Datum zahájení akce

—

Datum ukončení akce

—

Celkový počet účastníků

500

Počet zahraničních účastníků

495

Typ akce podle státní přísl. účastníků

EUR - Evropská akce