Modelování dvoušroubovic RNA a DNA do elektronové hustoty
Popis výsledku
Byla vyvinuta metoda automatického fitování dvoušrobovicových úseků RNA a DNA molekul do elektronových hustot. Konformačně tuhé fragmenty sestávající ze dvou párů ve Watson-Crickově uspořádání a tří párů fosfátových skupin v konformaci typu A nebo B jsouumístěny do elektronové hustoty fázovými rotačními a translačními funkcemi. Poloha a orientace umístěného fragmentu jsou dale upřesněny. Metoda byla testována modelováním dvoušrobovicových úseků devíti krystalových struktur RNA s různým krystalografickým rozlišením a délkou řetězce. Příslušný program je volně k disposici pro vědecké využití.
Klíčová slova
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
Nalezeny alternativní kódy
RIV/62157124:16370/08:00001983
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Building of RNA and DNA double helices into electron density
Popis výsledku v původním jazyce
A method has been developed that automatically fits doublehelical regions into the electron density of nucleic acid structures. Rigid fragments consisting of two Watson?Crick base pairs and three pairs of phosphate groups in the A-type or B-type conformation are positioned into the electron density by phased rotation and translation functions. The position and orientation of the localized double-helical fragments are determined by phased refinement. The method has been tested by building double-helicalregions of nine RNA structures of variable crystallographic resolution and polynucleotide length and is available for free use.
Název v anglickém jazyce
Building of RNA and DNA double helices into electron density
Popis výsledku anglicky
A method has been developed that automatically fits doublehelical regions into the electron density of nucleic acid structures. Rigid fragments consisting of two Watson?Crick base pairs and three pairs of phosphate groups in the A-type or B-type conformation are positioned into the electron density by phased rotation and translation functions. The position and orientation of the localized double-helical fragments are determined by phased refinement. The method has been tested by building double-helicalregions of nine RNA structures of variable crystallographic resolution and polynucleotide length and is available for free use.
Klasifikace
Druh
Jx - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2008
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Acta Crystallographica Section D-Biological Crystallography
ISSN
0907-4449
e-ISSN
—
Svazek periodika
64
Číslo periodika v rámci svazku
6
Stát vydavatele periodika
DK - Dánské království
Počet stran výsledku
7
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000255870800002
EID výsledku v databázi Scopus
—
Základní informace
Druh výsledku
Jx - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Rok uplatnění
2008