Využití mozkomíšního moku pro analýzu mikroRNA

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F65269705%3A_____%2F18%3A00069235" target="_blank" >RIV/65269705:_____/18:00069235 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/437.pdf" target="_blank" >https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/437.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Využití mozkomíšního moku pro analýzu mikroRNA

Popis výsledku v původním jazyce

Východiska: Deregulované hladiny mikroRNA (miRNA), krátkých nekódujících RNA pojících se s patogenezí mnoha onemocnění, byly pozorovány i v mozkomíšním moku (cerebrospinal fluid - CSF). Analýza miRNA v CSF u pacientů postižených nádory centrální nervové soustavy (CNS) by mohla pomoci vyvinout novou diagnostickou platformu umožňující přesnější diagnostiku. Proto se v naší studii snažíme optimalizovat metodické přístupy sloužící pro detekci miRNA, jako je izolace RNA a výběr vhodné technologie pro globální profilování miRNA v CSF. Materiál a metody: V rámci optimalizace izolace RNA z CSF bylo porovnáváno několik komerčně dostupných izolačních kitů s různými modifikacemi v protokolu. Při výběru nejvhodnější metody pro vysokokapacitní profilování miRNA byly testovány dva panely založené na kvantitativní polymerázové řetězové reakci a sekvenování nové generace. Výsledky: Jako nejvhodnější izolační kit byl vyhodnocen Urine miRNA Purification kit (Norgen). Jako nejlepší metoda pro následné vysokokapacitní profilování miRNA v CSF bylo vybráno sekvenování nové generace. Závěr: Optimalizovali jsme protokol pro izolaci RNA a vysokokapacitní analýzu miRNA v mozkomíšním moku.

Název v anglickém jazyce

Usage of cerebrospinal fluid for microRNA analysis

Popis výsledku anglicky

Backgrounds: Deregulated levels of miRNAs, short noncoding RNAs associated with pathogenesis of many diseases, have been observed in cerebrospinal fluid (CSF). Therefore, the analysis of CSF miRNAs in patients affected by tumors of central nervous system (CNS) might help to develop new diagnostic platform enabling more precise diagnosis. Thus, in our study we tried to optimize methodical approaches to be used for miRNA detection as RNA isolation and selection of suitable technology for global high-throughput miRNA profiling. Material and Methods: In the optimization phase of RNA isolation from CSF, various commercially available kits with different protocol modifications were compared. Two quantitative polymerase chain reaction panels and Next Generation Sequencing method were tested for selection of the most suitable method for miRNA comprehensive profiling. Results: The Urine miRNA Purification kit (Norgen) and Next Generation Sequencing was selected as the most suitable kit for RNA extraction from CSF and method for miRNA comprehensive profiling, resp. Conclusion: We established a protocol for RNA isolation and miRNA comprehensive profiling in CSF clinical specimens.

Druh

J_SC - Článek v periodiku v databázi SCOPUS

CEP obor

—

OECD FORD obor

30204 - Oncology

Projekt

<a href="/cs/project/NV15-34553A" target="_blank" >NV15-34553A: Využití mikroRNA v mozkomíšním moku pro diagnostiku mozkových nádorů</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2018

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Klinická onkologie

ISSN

0862-495X

e-ISSN

—

Svazek periodika

31

Číslo periodika v rámci svazku

Suppl. 1

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

3

Strana od-do

"S158"-"S160"

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85047930606