Celoexomové sekvenování a expresní profilování jako diagnostický podklad pro tvorbu individualizovaných léčebných plánů pro děti se solidními nádory

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F65269705%3A_____%2F18%3A00069445" target="_blank" >RIV/65269705:_____/18:00069445 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/437.pdf" target="_blank" >https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/437.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Celoexomové sekvenování a expresní profilování jako diagnostický podklad pro tvorbu individualizovaných léčebných plánů pro děti se solidními nádory

Popis výsledku v původním jazyce

Východiska: Výzkum nových léčebných postupů v onkologii je dnes motivován především snahou o vývoj a registraci nových léků pro onemocnění dospělého věku. Mechanizmus jejich působení je však u většiny tzv. cílených léků relevantní i pro nádory u dětí. Nezbytnou podmínkou pro efektivní terapii je především porozumění biologii nádoru a jeho adekvátní molekulárně bio logická charakterizace. Spolu s histopatologickým nálezem představují klíčový krok ve výběru &quot;správné terapie pro správného pacienta&quot;. Cílem naší studie je ověření vhodnosti využití celoexomového sekvenování a expresního profilování jako diagnostického podkladu pro tvorbu individualizovaných léčebných plánů pro děti s vysoce rizikovými solidními nádory. Materiál a metody: U dětských pacientů s vysoce rizikovými solidními nádory bylo provedeno celoexomové sekvenování (WES), RNA sekvenování (fúzní geny) a transkriptomové profilování. WES byl proveden za použití kitu TruSeq DNA Exome, kazety NextSeq 500/ 550 Mid Output a přístroje NextSeq (Illumina). Vstupním materiálem byla DNA z periferní krve a DNA ze vzorku tumoru. Analyzován byl tedy germinální i somatický exom. Detekce fúzí byla provedena pomocí TruSight RNA Pan-Cancer (Illumina). Transkriptomové profilování bylo provedeno za použití Affymetrix GeneChip Human Gene 1.0. ST Array (Thermofisher Scientific). Ze všech analýz byly vypracovány podrobné protokoly a výsledky diskutovány v rámci multioborového indikačního panelu. Výsledky: Od ledna 2017 do února 2018 byl WES proveden u 60 pacientů, u 48 z nich bylo také provedeno transkriptomové profilování. U 21 pacientů (35 %) byla nalezena terapeuticky cílitelná (actionable) mutace s popsanou onkogenní, či nádorově supresorovou funkcí. U 9 pacientů s tumory CNS byla navíc detekována prognostická mutace. U 1 pacienta s glioblastomem odhalil WES dvě zárodečné mutace v genu PMS2 způsobující bialelický mismatch repair deficiency syndrom. Spolu se zjištěním extrémně vysoké mutační nálože oba výsledky potvrdily nasazení imunoterapie. Klinicky významná genové fúze byla detekována u 11 pacientů z 26 vyšetřovaných (42 %). Úspěšně vyhodnocená transkriptomová data podpořila možné funkční dopady identifikovaných mutací ve významných genech. Na základě této molekulární charakterizace byl celkem u 20 dětí vytvořen individualizovaný léčebný plán. Závěr: Naše data prokazují, že molekulární diagnostika založená na WES a transkriptomovém profilování je cenným nástrojem pro plánování individualizované terapie v dětské onkologii.

Název v anglickém jazyce

All-exogenous sequencing and expression profiling as a diagnostic basis for the creation of individualized treatment plans for children with solid tumors

Popis výsledku anglicky

Background: Research into new treatments in oncology is today motivated primarily by efforts to develop and register new drugs for adult diseases. However, the mechanism of their action is also relevant for tumors in children with most so-called targeted drugs. A necessary condition for effective therapy is, above all, an understanding of the biology of the tumor and its adequate molecular biological characterization. Together with the histopathological finding, they represent a key step in choosing the &quot;right therapy for the right patient&quot;. The aim of our study is to verify the suitability of the use of whole exome sequencing and expression profiling as a diagnostic basis for the creation of individualized treatment plans for children with high-risk solid tumors. Material and methods: Wholeexome sequencing (WES), RNA sequencing (fusion genes) and transcriptome profiling were performed in pediatric patients with high-risk solid tumors. WES was performed using the TruSeq DNA Exome kit, the NextSeq 500/550 Mid Output cartridge and the NextSeq instrument (Illumina). The input material was DNA from peripheral blood and DNA from a tumor sample. Thus, both germinal and somatic exomas were analyzed. Fusion detection was performed using a TruSight RNA Pan-Cancer (Illumina). Transcriptome profiling was performed using Affymetrix GeneChip Human Gene 1.0. ST Array (Thermofisher Scientific). Detailed protocols were developed from all analyzes and the results were discussed within a multidisciplinary indication panel. Results: From January 2017 to February 2018, WES was performed in 60 patients, 48 of whom also underwent transcriptome profiling. In 21 patients (35%) a therapeutically targetable (actionable) mutation with the described oncogenic or tumor suppressor function was found. In addition, a prognostic mutation was detected in 9 patients with CNS tumors. In 1 patient with glioblastoma, WES revealed two germline mutations in the PMS2 gene causing biallelic mismatch repair deficiency syndrome. Together with the finding of an extremely high mutation load, both results confirmed the use of immunotherapy. Clinically significant gene fusion was detected in 11 patients out of 26 examined (42%). Successfully evaluated transcriptome data supported the possible functional impacts of the identified mutations in important genes. Based on this molecular characterization, an individualized treatment plan was developed for a total of 20 children. Conclusion: Our data demonstrate that molecular diagnostics based on WES and transcriptome profiling is a valuable tool for planning individualized therapy in pediatric oncology.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

—

OECD FORD obor

30204 - Oncology

Projekt

<a href="/cs/project/NV16-33209A" target="_blank" >NV16-33209A: Sekvenování nové generace a expresní profilování jako diagnostický podklad pro návrhy individualizovaných léčebných plánů pro děti se solidními nádory</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2018

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů