Využití funkční analýzy jako doplňkového nástroje při analýze genu TP53 u pacientů s chronickou lymfocytární leukémií

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F65269705%3A_____%2F21%3A00075177" target="_blank" >RIV/65269705:_____/21:00075177 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.prolekare.cz/casopisy/transfuze-hematologie-dnes/archiv-cisel/2021-supplementum-2" target="_blank" >https://www.prolekare.cz/casopisy/transfuze-hematologie-dnes/archiv-cisel/2021-supplementum-2</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Využití funkční analýzy jako doplňkového nástroje při analýze genu TP53 u pacientů s chronickou lymfocytární leukémií

Popis výsledku v původním jazyce

Úvod: Defekty genu TP53 jsou významným prognostickým markerem pacientů s chronickou lymfocytární leukémií (CLL). Status TP53 je důležitý pro volbu léčby, pacienti s nefunkčním p53 profitují z léčby novými inhibitory. Interpretace variant nalezených u CLL je založena na TP53-specifických databázích, v ojedinělých případech je třeba dalších metod k dořešení funkce variantního proteinu. Cíl: Ověření schopnosti proteinu p53 aktivovat transkripci cílových genů u variant s nejasným významem (VUS) a/nebo nepopsaných v TP53- databázích, které byly nalezeny v rámci rutinní diagnostiky CLL pacientů. Metody: Funkční analýza v kvasinkách (FASAY) umožňuj odlišit varianty proteinu s narušenou schopností aktivovat transkripci, které tvoří červené kolonie. Přítomnost variant p53 v červených (nefunkční p53) a bílých (funkční p53) koloniích byla ověřena Sangerovým sekvenováním. Výsledky: Metodou FASAY jsme testovali: (1) tři varianty typu inzerce/delece se zachováním čtecího rámce (in-frame), (2) dvě varianty s možným vlivem na sestřih RNA, (3) tři germinální varianty označované jako VUS. (1) In-frame inzerce/delece p.Met160_Ala161dup, p.Glu171_Val172- delinsAsp i p.Arg110_Phe113delinsLeu vedly ke vzniku červených kolonií, eliminují transaktivační funkci p53 a jsou patogenní. (2) Varianta c.559+5G&gt;A p.? způsobuje aberantní sestřih. Varianta c.993G&gt;T p.(Gln331His) měnící poslední nukelotid exonu 9 nebyla nalezena v bílých ani červených koloniích, pravděpodobně vede k defektu sestřihu a je odbourávána na úrovni RNA mechanizmem nonsense-mediated mRNA decay. (3) Germinální varianty p.Arg283Cys a p.Ile254Val vedly ke vzniku bílých kolonií, nenarušují tedy transaktivační funkci p53. Varianta p.Arg158Cys dala vznik růžovým koloniím, funkce p53 je narušena částečně. Závěr: Přestože naprostou většinu variant TP53 nalezených u CLL pacientů lze interpretovat pouze na základě TP53-specifických databází, funkční test v kvasinkách představuje užitečný nástroj pro obtížně interpretovatelné varianty. Naše výsledky potvrzují, že zatímco somatické varianty nalezené u CLL jsou obvykle patogenní, germinální varianty mohou být funkční nebo mohou mít částečně zachovanou transkativační schopnost.

Název v anglickém jazyce

Use of functional analysis as a complementary tool in the analysis of the TP53 gene in patients with chronic lymphocytic leukemia

Popis výsledku anglicky

Introduction: Defects in the TP53 gene are an important prognostic marker in patients with chronic lymphocytic leukemia (CLL). TP53 status is important for treatment choice, patients with dysfunctional p53 benefit from treatment with new inhibitors. The interpretation of variants found in CLL is based on TP53-specific databases; in rare cases, additional methods are needed to address the function of the variant protein. Aim: To verify the ability of the p53 protein to activate the transcription of target genes in variants of unclear significance (VUS) and / or not described in TP53-databases, which were found in the routine diagnosis of CLL patients.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

—

OECD FORD obor

30205 - Hematology

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2021

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů