Segmentation of Individual Cells in Phase Contrast Microscopy Images
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F67985556%3A_____%2F14%3A00435026" target="_blank" >RIV/67985556:_____/14:00435026 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Segmentation of Individual Cells in Phase Contrast Microscopy Images
Popis výsledku v původním jazyce
Phase contrast microscopy is widely used for live cell imaging. Automatic computer processing of phase-contrast images is complicated, particularly because of the halos that are present around the cells. We introduce a new algorithm able to segment individual cells by using the halos. The halos between cells are detected by thresholding and skeletonization, and gaps in the edges are filled in using Dijkstra?s algorithm. The result of the algorithm was compared with the results of manual segmentation performed by a human expert and evaluated on level of precision of individual cells? edges. The source code and test data, including the manual segmentation are made available to the public.
Název v anglickém jazyce
Segmentation of Individual Cells in Phase Contrast Microscopy Images
Popis výsledku anglicky
Phase contrast microscopy is widely used for live cell imaging. Automatic computer processing of phase-contrast images is complicated, particularly because of the halos that are present around the cells. We introduce a new algorithm able to segment individual cells by using the halos. The halos between cells are detected by thresholding and skeletonization, and gaps in the edges are filled in using Dijkstra?s algorithm. The result of the algorithm was compared with the results of manual segmentation performed by a human expert and evaluated on level of precision of individual cells? edges. The source code and test data, including the manual segmentation are made available to the public.
Klasifikace
Druh
D - Stať ve sborníku
CEP obor
JD - Využití počítačů, robotika a její aplikace
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GA13-29225S" target="_blank" >GA13-29225S: Slepá dekonvoluce obrazu v limitních podmínkách</a><br>
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název statě ve sborníku
Proceedings of the 18th Conference on Medical Image Understanding and Analysis
ISBN
1-901725-51-0
ISSN
—
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
6
Strana od-do
185-190
Název nakladatele
City University London
Místo vydání
London
Místo konání akce
London
Datum konání akce
9. 7. 2014
Typ akce podle státní příslušnosti
WRD - Celosvětová akce
Kód UT WoS článku
—