Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Segmentation Method of Time-Lapse Microscopy Images with the Focus on Biocompatibility Assessment

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F67985556%3A_____%2F16%3A00460642" target="_blank" >RIV/67985556:_____/16:00460642 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/60076658:12520/16:43890555 RIV/00216208:11320/16:10324380

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1017/S143192761600074X" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1017/S143192761600074X</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1017/S143192761600074X" target="_blank" >10.1017/S143192761600074X</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Segmentation Method of Time-Lapse Microscopy Images with the Focus on Biocompatibility Assessment

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Biocompatibility testing of new materials is often performed in vitro by measuring the growth rate of mammalian cancer cells in time-lapse images acquired by phase contrast microscopes. The growth rate is measured by tracking cell coverage, which requires an accurate automatic segmentation method. However, cancer cells have irregular shapes that change over time, the mottled background pattern is partially visible through the cells and the images contain artifacts such as halos. We developed a novel algorithm for cell segmentation that copes with the mentioned challenges. It is based on temporal differences of consecutive images and a combination of thresholding, blurring and morphological operations. We tested the algorithm on images of four cell types acquired by two different microscopes, evaluated the precision of segmentation against manual segmentation performed by a human operator and finally provided comparison with other freely available methods.

  • Název v anglickém jazyce

    Segmentation Method of Time-Lapse Microscopy Images with the Focus on Biocompatibility Assessment

  • Popis výsledku anglicky

    Biocompatibility testing of new materials is often performed in vitro by measuring the growth rate of mammalian cancer cells in time-lapse images acquired by phase contrast microscopes. The growth rate is measured by tracking cell coverage, which requires an accurate automatic segmentation method. However, cancer cells have irregular shapes that change over time, the mottled background pattern is partially visible through the cells and the images contain artifacts such as halos. We developed a novel algorithm for cell segmentation that copes with the mentioned challenges. It is based on temporal differences of consecutive images and a combination of thresholding, blurring and morphological operations. We tested the algorithm on images of four cell types acquired by two different microscopes, evaluated the precision of segmentation against manual segmentation performed by a human operator and finally provided comparison with other freely available methods.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    JD - Využití počítačů, robotika a její aplikace

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2016

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Microscopy and Microanalysis

  • ISSN

    1431-9276

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    22

  • Číslo periodika v rámci svazku

    3

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    10

  • Strana od-do

    497-506

  • Kód UT WoS článku

    000384332600003

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-84964751084